在线分子生物学数据库索引

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所属分类:Bioinformatics

《核酸研究(Nucleic Acids Research)》搜集其上发表的或者其他杂志上发表的关于数据库的文章,建立的数据库索引。并且建立了一个分类系统,将这些数据库资源进行分类。建立的资源大多会发文章,而能发表在《核酸研究》上的数据库资源其质量还是有一定的保证的。

访问地址:http://nar.oxfordjournals.org

《核酸研究》(Nucleic Acids Research)每年都有一个数据库专刊( Nucleic Acids Research annual Database Issue),专门介绍分子生物学数据库,其中2009年《核酸研究》介绍了179的数据库,其中95是新的。这些数据库(连同许多在其他期刊上描述的分子生物学数据库)已列入the Nucleic Acids Research online Molecular Biology Database Collection 数据库,使总数的数据库中收集到1170个。

The current issue of Nucleic Acids Research includes descriptions of 179 databases, of which 95 are new. These databases (along with several molecular biology databases described in other journals) have been included in the Nucleic Acids Research online Molecular Biology Database Collection, bringing the total number of databases in the collection to 1170. In this introductory comment, we briefly describe some of these new databases and review the principles guiding the selection of databases for inclusion in the Nucleic Acids Research annual Database Issue and the Nucleic Acids Research online Molecular Biology Database Collection. The complete database list and summaries are available online at the  web site (http://nar.oxfordjournals.org/).

 分类系统

核苷酸序列数据库

国际核酸序列数据库协作
编码和非编码的DNA
基因结构,内含子和外显子,剪接位点
转录调节位点与转录因子
RNA序列数据库
蛋白质序列数据库
General sequence databases序列数据库
Protein properties 蛋白质性质
Protein localization and targeting定位与靶标
Protein sequence motifs and active sites 序列活性位点
Protein domain databases; protein classification 结构域与分类
Databases of individual protein families factors 不同的蛋白质家族数据库
结构数据库
 Carbohydrates 碳水化合物
 Protein structure 蛋白结构
基因组数据库(非脊椎动物)
 Genome annotation terms, ontologies and nomenclature 基因组注释条目、本体论、术语
 Taxonomy and identification 物种分类与鉴定
 General genomics databases 通用的基因组数据库
 Viral genome databases病毒基因组数据库
 Prokaryotic genome databases 原核基因组数据库
 Unicellular eukaryotes genome databases 单细胞真核生物基因组数据库
 Fungal genome databases 真菌基因组数据库
 Invertebrate genome databases无脊椎动物基因组数据库
代谢和信号转导途径
 Protein-protein interactions 蛋白质交互作用
 Signalling pathways 信号途径
人类和其他脊椎动物基因组
 Model organisms, comparative genomics 模式生物、比较基因组
 Human genome databases, maps and viewers 人类基因组数据库、基因组图谱
 Human ORFs 人类基因组ORFs
人类基因和疾病
 Protein Mutant Database 蛋白质突变数据库
 General human genetics databases 通用的人类遗传学数据库
 General polymorphism databases  通用的基因多态性数据库
 Cancer gene databases 癌基因数据库
 Gene-, system- or disease-specific databases特定的基因、系统或者疾病数据库
微阵列数据和其他基因表达数据库
蛋白质组学资源
其他分子生物学数据库
 Drugs and drug design 药物与药物设计
 Molecular probes and primers 分子探针与引物
细胞器数据库
Mitochondrial genes and proteins 线粒体基因与蛋白
植物数据库
 General plant databases 通用的植物数据库
 Rice 水稻
 Other plants 其他植物
免疫学数据库
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