bioperl的安装

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 1. 对于UNIX用户

(1)下载BioPerl的源代码,并解压。我提供两个网址:

http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz

http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.1.tar.gz

(2)进入该目录,然后执行下列命令:

$ perl Build.PL       

$ ./Build test       

# ./Build install (注意:执行./Build install时必须要有系统管理员权限)

BioPerl和许多其他模块有依赖关系,所以在安装过程中系统会反复询问你是否要安装XX模块。你最好要在连接Internet的情况下安装才行。

如果你只想用BioPerl的核心模块,不想使用额外附加功能,可以选择不安装。但我不敢保证以后使用是否会出现问题。

2. 对于windows用户

(1)使用ActivestatePerl的PPM(Perl包管理器)来安装。这种方法速度很慢,如果你机器配置不够好的话只有等着死机。

(2)使用命令行模式安装。这种方法很稳定,强力推荐。注意安装全过程必须要有稳定的Internet连接       你需要执行的命令是:

C:> ppm-shell (回车出现下一行)

ppm>

ppm> repo add http://bioperl.org/DIST

ppm> repo add uwinnipeg

ppm> repo add trouchelle

ppm> install BioPerl

判断系统上是否已经安装了一个模块,可以尝试使用perldoc命令查看模块的文档。如果能够查阅它的文档,说明已经安装成功了。

对于BioPerl来说,我们可以查看其中的一个模块的文档:

perldoc Bio::Seq

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