Bioperl的简单安装

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按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上,或者是安装上了,但不能用,上面介绍的几种方法都试了,全不行,后面自己想了个办法,就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装,简单适应,如果你和我碰到了同样的问题不妨试试。

1、确定cpan能用。

>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q

2、升级cpan,保证安装的模块是最新的。

>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q

3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换,计算序列长度,blast信息提取等),中间会有些选项要求选择,一路回车采用默认的就行了。

cpan>install Bio::SeqIO

4、安装SeqFeature模块(序列特征信息的获取或解析)。

cpan>install Bio::SeqFeature

5、安装GenBank模块

cpan>install Bio::GenBank

6、安装AlignIO和AlignI模块(数据格式格式转换)。

cpan>install Bio::AlignIO
cpan>install Bio::AlignI

7、安装DNAstatistics模块(序列统计分析,进化距离计算)。

cpan>install Bio::DNAstatistics

上面是一引起常用的模块,至于其它的一些模块如果要用到就按这种方法安装就行了。

原文来自:http://bioinformation.cn/?p=411

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