Genomics宏基因组SOAPdenovo组装 SOAPdenovo特点 宏基因组denovo组装软件中SOAPdenovo(http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo)的使用较为广泛,其具有组装速度快,N50值较... 01月05日3,700评论SOAPdenovo 基因组组装 阅读全文
Genomics基因组组装软件SOAPdenovo安装使用 一.下载并安装这个软件 下载地址进下面,但是下载源码安装总是很困难,我直接下载bin文件可执行程序。 解压进入目录 首先make 然后make install即可 安装总是失败,我也不知道怎么回事,懒... 08月14日11,1891 SOAPdenovo 基因组组装 阅读全文
GenomicsSOAPdenovo的一个组装过程 我们都知道,测序本身并不难,难就难在基因组的后续组装拼接,因为它涉及到大量需要考虑的问题,如重复、到位、覆盖率等等,于是如何有效的得到最后的序列或者有意义的Scaffold是做基因组面临的一个很大问题... 08月30日7,596评论assembly 基因组 阅读全文
GenomicsTesting SOAPdenovo2 Prerelease – V (map and scaff) We would like to complete our description of SOAPdenovo2 commands and get into more interesting topi... 07月11日2,235评论基因组 拼接 阅读全文
GenomicsTesting SOAPdenovo2 Prerelease – IV SOAPdenovo2 runs through the following steps - (i) generate the de Bruijn graph and store it (‘pregr... 07月06日2,8931 基因组 拼接 阅读全文
GenomicsTesting SOAPdenovo2 Prelease Version – III This commentary is a continuation of previous one. We are adding some additional information in case... 07月06日1,410评论基因组 拼接 阅读全文
GenomicsTesting SOAPdenovo2 Pre-release Version II:pregraph_sparse Our earlier commentary on SOAPdenovo2 provided a quick overview of an assembly. In the next few comm... 07月05日1,564评论基因组 拼接 阅读全文
GenomicsTesting SOAPdenovo2 Pre-release Version Opening the zip file: The zip file ‘SOAPdenovo2.zip’ expanded into two programs - i) pregraph_sparse... 07月05日1,526评论基因组 拼接 阅读全文
Bioinformatics第二代测序数据处理工具软件汇总 Integrated solutions * CLCbio Genomics Workbench – de novo and reference assembly of Sanger, Roche F... 12月12日11,000评论NGS 生物信息 阅读全文
GenomicsSOAPdenovo拼接参数详解 1. kmer值 kmer值哪个比较好很难说,对不同的数据,用不同的kmer值会有很不同的结果。最好的办法就是测试不同的kmer,然后看结果的N50,找到N50最高的kmer。不过SOAPdenovo... 09月24日5,417评论assembly genome 阅读全文