基因组组装软件SOAPdenovo安装使用 Genomics

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用

一.下载并安装这个软件 下载地址进下面,但是下载源码安装总是很困难,我直接下载bin文件可执行程序。 解压进入目录 首先make 然后make install即可 安装总是失败,我也不知道怎么回事,懒...
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SOAPdenovo的一个组装过程 Genomics

SOAPdenovo的一个组装过程

我们都知道,测序本身并不难,难就难在基因组的后续组装拼接,因为它涉及到大量需要考虑的问题,如重复、到位、覆盖率等等,于是如何有效的得到最后的序列或者有意义的Scaffold是做基因组面临的一个很大问题...
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SOAPdenovo拼接参数详解 Genomics

SOAPdenovo拼接参数详解

1. kmer值 kmer值哪个比较好很难说,对不同的数据,用不同的kmer值会有很不同的结果。最好的办法就是测试不同的kmer,然后看结果的N50,找到N50最高的kmer。不过SOAPdenovo...
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