BioinformaticsOrthoMCL介绍 1. OrthoMCL的用途 基于序列的相似性,OrthoMCL能将一组proteins(比如全基因组的proteins)归类到ortholog groups、in-paralogs groups和c... 09月17日7,115评论orthologs 直系同源基因 阅读全文
Glossary直系同源与旁系同源 Homologous sequences. Orthologs and Paralogs are two types of homologous sequences. Orthology descri... 06月19日30,8281 homologs orthologs 阅读全文
GenomicsOrthoMCL使用详解 1.Orthomcl是用来干嘛的? 我们都知道,我们在注释完一些基因组后,会拿到大量的蛋白,而这些蛋白,孤零零的放在那,你不觉得别扭吗?除了常规的pfam、interpro做完了,再做点什么呢?聚个类... 06月12日13,2614BLAST perl 阅读全文
Bioinformatics直系同源预测方法 直系同源的基因通常具有相似的生物学功能,所以我们在进行一个未知序列的功能的鉴定的时候,其实质在找功能已知的同源基因。功能基因组的研究过程中,对于两个或者多个物种的同源基因进行鉴定,是功能基因鉴定、比较... 02月03日10,61913orthologs 直系同源基因 阅读全文
BioinformaticsNCBI的COG介绍 什么是COG? “COG”是Cluster of Orthologous Groups of proteins(蛋白相邻类的聚簇)的缩写。构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或... 12月14日8,396评论orthologs 直系同源基因 阅读全文
GenomicsInparanoid:寻找物种间直系同源基因的软件 Inparanoid是一个寻找物种间直系同源基因的软件,同时相应的网站目前包含了100 organisms, 1687023 sequences。 Inparanoid单机版程序是一款非常优秀的寻找直... 12月11日11,81918orthologs 直系同源基因 阅读全文