We would like to complete our description of SOAPdenovo2 commands and get into more interesting topi...
Testing SOAPdenovo2 Prerelease – V (map and scaff)
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Testing SOAPdenovo2 Prerelease – IV
SOAPdenovo2 runs through the following steps - (i) generate the de Bruijn graph and store it (‘pregr...
Howto make N50 better?
N50 statistic is widely used by bioinformaticians to judge the quality of their assemblies, but it i...
基因组拼接中常见的名词解释
Read：高通量测序平台产生的序列就称为reads。 Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。 Scaffold：基因组de novo测序...
N50多少，证明组装的好
1、简介 大家在科研和工作过程中，经常会接触到n50，n90，这些概念。比如从头组装一个基因组，n50应该达到多少，才算合适呢。当然现在情况下，接触牛叉的测序新技术，是越长越好， 但是对于那些不好组装...
基因组拼接中N50和N90到底指什么
N50： 举个例子，比如一个基因组大小是1M，测序得到若干条reads，这些reads进行拼接，如果完全可以拼接起来，中间没有gap的序列称为contig，即连续的意思。如果中间有gap,但是可以知道...