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首页k-mer
Bioinformatics

基因组测序、组装与分析总结

1. 测序前的准备 搜集物种相关信息,比如基因组大小,杂合度, 1.1 获取基因组大小 基因组大小的获取关系到对以后组装结果的大小的正确与否判断;基因组太大(>10Gb),超出了目前denovo...
11月22日13,8471 k-mer 组装
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Genomics

基因组组装软件velvet以及参数优化

利用k-mer组装的基因组的软件现在已经很多了,例如soapdenovo,velvet等等。PLoB上已经有不少关于velvet的软件的介绍,今天再次谈谈velvet这个软件,主要是推荐一些velve...
11月21日7,862评论k-mer velvet
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Genomics

K-mer应用实例分析

We started with 600 million 100mer reads from a genomic library and plotted its K-mer distribution. ...
06月07日6,075评论k-mer reads
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Genomics

Maximizing Utility of Available RAMs in K-mer World

Bioinformaticians trying to assemble genomes or transcriptomes from large NGS libraries usually grap...
06月07日2,049评论k-mer reads
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Genomics

De Bruijn graphs(2)

In the previous post, we discussed how de Bruijn graphs can be constructed for a genome or a large s...
06月06日1,681评论assembly k-mer
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Bioinformatics

De Bruijn graphs(1)

New algorithms for short read assembly (categories B and D) often use de Bruijn graphs to store and ...
06月06日2,669评论De Bruijn k-mer
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Genomics

Format of Velvet Output File ‘Roadmaps’

If you used Velvet genome assembler, you possibly have noticed a file named ‘Roadmaps’ being created...
06月06日1,635评论k-mer velvet
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Bioinformatics

Efficient Methods for Counting K-mers

当拿到转录组数据或者基因组数据后,在做拼接以及其他一系列的分析之前,我们一般会做一个K-mer频率分布分析,下面是目前常用的几种计算K-mer的算法和软件。 A. Bloom Filter-based...
06月06日2,565评论jellyfish k-mer
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