Bioinformatics基因组测序、组装与分析总结 1. 测序前的准备 搜集物种相关信息,比如基因组大小,杂合度, 1.1 获取基因组大小 基因组大小的获取关系到对以后组装结果的大小的正确与否判断;基因组太大(>10Gb),超出了目前denovo... 11月22日14,1111 k-mer 组装 阅读全文
Genomics基因组组装软件velvet以及参数优化 利用k-mer组装的基因组的软件现在已经很多了,例如soapdenovo,velvet等等。PLoB上已经有不少关于velvet的软件的介绍,今天再次谈谈velvet这个软件,主要是推荐一些velve... 11月21日8,138评论k-mer velvet 阅读全文
GenomicsK-mer应用实例分析 We started with 600 million 100mer reads from a genomic library and plotted its K-mer distribution. ... 06月07日6,184评论k-mer reads 阅读全文
GenomicsMaximizing Utility of Available RAMs in K-mer World Bioinformaticians trying to assemble genomes or transcriptomes from large NGS libraries usually grap... 06月07日2,104评论k-mer reads 阅读全文
GenomicsDe Bruijn graphs(2) In the previous post, we discussed how de Bruijn graphs can be constructed for a genome or a large s... 06月06日1,740评论assembly k-mer 阅读全文
BioinformaticsDe Bruijn graphs(1) New algorithms for short read assembly (categories B and D) often use de Bruijn graphs to store and ... 06月06日2,822评论De Bruijn k-mer 阅读全文
GenomicsFormat of Velvet Output File ‘Roadmaps’ If you used Velvet genome assembler, you possibly have noticed a file named ‘Roadmaps’ being created... 06月06日1,762评论k-mer velvet 阅读全文
BioinformaticsEfficient Methods for Counting K-mers 当拿到转录组数据或者基因组数据后,在做拼接以及其他一系列的分析之前,我们一般会做一个K-mer频率分布分析,下面是目前常用的几种计算K-mer的算法和软件。 A. Bloom Filter-based... 06月06日2,662评论jellyfish k-mer 阅读全文