使用EBI的InterPro数据库，能对蛋白序列通过结构域方法进行基因家族分类注释。InterPro数据库整合了13个基因家族、结构域和功能位点的数据库，包括Pfam和CDD等。此外，InterPro...
对Protein序列进行InterPro注释
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批量鉴定蛋白的结构域的平台介绍
构建批量蛋白质结构域鉴定的分析平台，可以使用hmmscan(hmmer3)、hhsearch、InterProScan等，这里主要介绍hmmscan与hhsearch。 hmmsca...
蛋白注释相关的工具
随着蛋白质数量的增加，对于这些蛋白质的分类与注释成为一个非常活跃的课题。这里将包含所有蛋白质序列的集合称为nr库，在nr库中，序列与序列的相似性是不均等的，当我们使用blast进行序列两两比对的时候，...
interproscan安装及详细设置
详细的安装及配置步骤请参见iprscan的文档Installing_InterProScan.txt 1.在安装iprscan之前，你的linux系统需要如下基本组件： PERL，这个常见的linux...
interproscan的用法
直接iprscan是不行的，需要加个-cli才能正常运行，不然出现一大堆HTML的代码，这里的cli 是command-line interface 简写。 usage: ./iprscan -cli...