Bioinformatics对Protein序列进行InterPro注释 使用EBI的InterPro数据库,能对蛋白序列通过结构域方法进行基因家族分类注释。InterPro数据库整合了13个基因家族、结构域和功能位点的数据库,包括Pfam和CDD等。此外,InterPro... 04月29日636评论interproscan 蛋白质注释 阅读全文
Reviews批量鉴定蛋白的结构域的平台介绍 构建批量蛋白质结构域鉴定的分析平台,可以使用hmmscan(hmmer3)、hhsearch、InterProScan等,这里主要介绍hmmscan与hhsearch。 hmmsca... 12月02日6,304评论HMM interproscan 阅读全文
Bioinformatics蛋白注释相关的工具 随着蛋白质数量的增加,对于这些蛋白质的分类与注释成为一个非常活跃的课题。这里将包含所有蛋白质序列的集合称为nr库,在nr库中,序列与序列的相似性是不均等的,当我们使用blast进行序列两两比对的时候,... 12月02日6,266评论annotation 注释 阅读全文
Bioinformaticsinterproscan安装及详细设置 详细的安装及配置步骤请参见iprscan的文档Installing_InterProScan.txt 1.在安装iprscan之前,你的linux系统需要如下基本组件: PERL,这个常见的linux... 09月30日5,9307interproscan 阅读全文
Bioinformaticsinterproscan的用法 直接iprscan是不行的,需要加个-cli才能正常运行,不然出现一大堆HTML的代码,这里的cli 是command-line interface 简写。 usage: ./iprscan -cli... 09月30日4,612评论cli interproscan 阅读全文