C语言版： 1、 HTK（Hidden Markov Model Toolkit）： HTK是英国剑桥大学开发的一套基于C语言的隐马尔科夫模型工具箱，主要应用于语音识别、语音合成的研究，也被用在其他领...
各种实现隐马尔可夫模型（HMM）的平台汇总
阅读全文
HHblits：让序列比对更快更准更灵敏
来自德国慕尼黑大学的研究人员发表了题为“HHblits: lightning-fast iterative protein sequence searching by HMM-HMM alignmen...
批量鉴定蛋白的结构域的平台介绍
构建批量蛋白质结构域鉴定的分析平台，可以使用hmmscan(hmmer3)、hhsearch、InterProScan等，这里主要介绍hmmscan与hhsearch。 hmmsca...
hmmer的安装与使用
从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blas...
基于HMM的基因功能鉴定
目的： 鉴定该物种中某个基因家族的所有成员； 每个基因的功能鉴定； 什么是HMM： HMM(Hidden Markov Model,隐马尔科夫模型)是一种用参数表示的用于...
蛋白注释相关的工具
随着蛋白质数量的增加，对于这些蛋白质的分类与注释成为一个非常活跃的课题。这里将包含所有蛋白质序列的集合称为nr库，在nr库中，序列与序列的相似性是不均等的，当我们使用blast进行序列两两比对的时候，...