Evolution 进化树上Bootstrap和Identity区别 Bootstrap,即自展值,是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排,重排后的序列再用相同的办法构树,如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了,就给这个分枝打上一分,如... 02月03日 6,574 发表评论 阅读全文
Evolution 对于bootstrap的一些粗浅认识 什么是bootstrap? bootstrap就是从一个原始样本中进行有放回的重复采样,采样大小和原始样本大小相同,采样次数根据计算量而定。从每个重新样的样本中可以计算某个统计量的bootstrap ... 08月29日 2,795 发表评论 阅读全文
Evolution 用RAxML构建极大似然进化树 张金龙 中国科学院植物研究所,jinlongzhang01@gmail.com RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括 上千至上万个物种,几百至... 12月15日 16,042 4 阅读全文
Glossary 什么是bootstrap Bootstrap又称自展法,是用小样本估计总体值的一种非参数方法,在进化和生态学研究中应用十分广泛。例如进化树分化节点的自展支持率等。 Bootstrap的思想,是生成一系列bootstrap伪样本... 12月09日 813 发表评论 阅读全文