这里的拷贝数变异检测芯片指的是Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0 cel数据，需要处理成segment及genotype数据 这个芯片在TCGA计划里...

在R里面实现这个功能其实非常简单，难的是很多packages经常会出现安装问题，更有的人压根不看芯片平台是什么，芯片对应的package是什么，就开始到处发问，自学能力实在是堪忧！ 我前面有写目前所有...

用基因芯片的手段来探针基因表达量的技术虽然已经在逐步被RNA-seq技术取代，但毕竟经历了十多年的发展了，在GEO或arrayexpress数据库里面存储的全球研究者数据都已经超过了50PB了！实在是...

如今人们进行转录组分析大多是在第二代测序平台上进行RNA-seq，将样品中的RNA反转录为cDNA，构建测序文库，再进行测序分析。随着RNA-seq技术的逐渐普及，自然也出现了许多RNA-seq分析工...

芯片分析概述 随着基因芯片技术的普及，基因表达数据大量产生，如何充分利用这些数据并从中提取有用的生物学知识，是生物信息学所面临的一个迫切问题。简要来说，生物芯片数据分析流程大体可分成以下几个阶段。 扫...

SNP 是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性，在群体中的发生频率不小于1 %。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。所谓转换是指同型碱基之间的转换，如嘌呤与嘌呤( G2A) ...

第一部分       基因芯片的数据标准化(Normalization) 对基因芯片数据的标准化处理，主要目的是消除由于实验技术所导致的表达量(Intensity) 的变化，并且使各个样本(sampl...