参考基因组和基因注释文件 Genomics

参考基因组和基因注释文件

参考基因组和基因注释文件获取 通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对,或Pseudo-alignment。所以首先需要获取参考基因组和参考转录组信息。 Ensembl http:/...
阅读全文
RNA-Seq分析新工具 Transcriptomics

RNA-Seq分析新工具

利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法,在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是:做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...
阅读全文
基于R绘制竞争风险模型列线图 Statistics

基于R绘制竞争风险模型列线图

题记:我们在以前的文章中介绍了竞争风险模型的R语言实现,今天我们与各位朋友分享如何基于竞争风险模型绘制列线图,以飨读者。 1. 背景知识 在观察某事件是否发生时,如果该事件被其他事件阻碍,即存在所谓“...
阅读全文
BRIG-原核生物比较基因组圈图展示神器 Genomics

BRIG-原核生物比较基因组圈图展示神器

细菌基因组比较分析是时下很火热的研究方向,通过比较能够获得两个或多个基因组之间的共性及异性,在系统进化分析,物种分类鉴定,功能研究等领域中具有重要价值。 如何直观地展示基因组结构之间的相似性?BRIG...
阅读全文
KMeans中自动K值的确认方法 Machine Learning

KMeans中自动K值的确认方法

1  前言 聚类常用于数据探索或挖掘前期,在没有做先验经验的背景下做的探索性分析,也适用于样本量较大情况下的数据预处理等方面工作。例如针对企业整体用户特征,在未得到相关知识或经验之前先根据数据本身特点...
阅读全文