利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法，在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是：做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...
Transcriptomics
Transcriptomics
Statistics
基于R绘制竞争风险模型列线图
题记：我们在以前的文章中介绍了竞争风险模型的R语言实现，今天我们与各位朋友分享如何基于竞争风险模型绘制列线图，以飨读者。 1. 背景知识 在观察某事件是否发生时，如果该事件被其他事件阻碍，即存在所谓“...
Bioinformatics
用GEOquery从GEO数据库下载数据
Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ ...
Bioinformatics
HGNC数据库简介
人类基因命名委员会(HUGO Gene Nomenclature Committee);人类基因组命名委员会! 其实有了NCBI的entrez ID，然后还有refseq里面的ID，还有ensembl...
Epigenetics
使用REST API批量下载ENCODE数据
本篇主要内容 本篇主要介绍两种方法，搜索并批量下载ENCODE数据。 方法一：在页面中搜索并获取下载地址 进入ENCODE portal主页：https://www.encodeproject.org...
Evolution
利用Evolview美化进化树教程和使用方法
前面给大家推荐过Evolview，推荐一款强大的进化树编辑软件，今天给大家详细介绍如何使用这个在线工具，教你如何绘制高颜值的进化树。 1.Evolview简介 Evolview可在线进行系统进化分析，...
Genomics
BRIG-原核生物比较基因组圈图展示神器
细菌基因组比较分析是时下很火热的研究方向，通过比较能够获得两个或多个基因组之间的共性及异性，在系统进化分析，物种分类鉴定，功能研究等领域中具有重要价值。 如何直观地展示基因组结构之间的相似性？BRIG...
Machine Learning
KMeans中自动K值的确认方法
1 前言 聚类常用于数据探索或挖掘前期，在没有做先验经验的背景下做的探索性分析，也适用于样本量较大情况下的数据预处理等方面工作。例如针对企业整体用户特征，在未得到相关知识或经验之前先根据数据本身特点...
Machine Learning
聚类算法——k均值和层次聚类
看看下面这张图，有各种各样的虫子和蜗牛，你试试将它们分成不同的组别？ 完成了吗？尽管这里并不一定有所谓的「正确答案」，但一般来说我们可以将这些虫子分成四组：蜘蛛、蜗牛、蝴蝶/飞蛾、蜜蜂/黄蜂。 很简单...
Machine Learning
聚类分析:k-means和层次聚类
尽管我个人非常不喜欢人们被划分圈子，因为这样就有了歧视、偏见、排挤和矛盾，但“物以类聚，人以群分”确实是一种客观的现实——这其中就蕴含着聚类分析的思想。 前面所提到的机器学习算法主要都是分类和回归，这...