Genomics参考基因组和基因注释文件 参考基因组和基因注释文件获取 通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对,或Pseudo-alignment。所以首先需要获取参考基因组和参考转录组信息。 Ensembl http:/... 03月29日 655 1 阅读全文
Transcriptomics一分钟读懂单细胞测序 单细胞测序技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。 2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well... 03月29日 492 评论 阅读全文
TranscriptomicsRNA-Seq分析新工具 利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法,在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是:做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算... 03月20日 18,334 6 阅读全文
Statistics基于R绘制竞争风险模型列线图 题记:我们在以前的文章中介绍了竞争风险模型的R语言实现,今天我们与各位朋友分享如何基于竞争风险模型绘制列线图,以飨读者。 1. 背景知识 在观察某事件是否发生时,如果该事件被其他事件阻碍,即存在所谓“... 03月17日 2,439 评论 阅读全文
Bioinformatics用GEOquery从GEO数据库下载数据 Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,甚至高通量测序数据! ... 03月15日 10,453 评论 阅读全文
BioinformaticsHGNC数据库简介 人类基因命名委员会(HUGO Gene Nomenclature Committee);人类基因组命名委员会! 其实有了NCBI的entrez ID,然后还有refseq里面的ID,还有ensembl... 03月14日 2,051 评论 阅读全文
Epigenetics使用REST API批量下载ENCODE数据 本篇主要内容 本篇主要介绍两种方法,搜索并批量下载ENCODE数据。 方法一:在页面中搜索并获取下载地址 进入ENCODE portal主页:https://www.encodeproject.org... 03月10日 776 评论 阅读全文
Evolution利用Evolview美化进化树教程和使用方法 前面给大家推荐过Evolview,推荐一款强大的进化树编辑软件,今天给大家详细介绍如何使用这个在线工具,教你如何绘制高颜值的进化树。 1.Evolview简介 Evolview可在线进行系统进化分析,... 03月10日 23,726 评论 阅读全文
GenomicsBRIG-原核生物比较基因组圈图展示神器 细菌基因组比较分析是时下很火热的研究方向,通过比较能够获得两个或多个基因组之间的共性及异性,在系统进化分析,物种分类鉴定,功能研究等领域中具有重要价值。 如何直观地展示基因组结构之间的相似性?BRIG... 03月10日 3,818 1 阅读全文
Machine LearningKMeans中自动K值的确认方法 1 前言 聚类常用于数据探索或挖掘前期,在没有做先验经验的背景下做的探索性分析,也适用于样本量较大情况下的数据预处理等方面工作。例如针对企业整体用户特征,在未得到相关知识或经验之前先根据数据本身特点... 03月09日 6,204 评论 阅读全文