参考基因组和基因注释文件获取 通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对，或Pseudo-alignment。所以首先需要获取参考基因组和参考转录组信息。 Ensembl http:/...
Genomics参考基因组和基因注释文件
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Genomics
Transcriptomics一分钟读懂单细胞测序
单细胞测序技术自2009年问世，2013年被Nature Methods评为年度技术以来，越来越多地被应用在科研领域。 2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well...
TranscriptomicsRNA-Seq分析新工具
利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法，在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是：做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...
Statistics基于R绘制竞争风险模型列线图
题记：我们在以前的文章中介绍了竞争风险模型的R语言实现，今天我们与各位朋友分享如何基于竞争风险模型绘制列线图，以飨读者。 1. 背景知识 在观察某事件是否发生时，如果该事件被其他事件阻碍，即存在所谓“...
Bioinformatics用GEOquery从GEO数据库下载数据
Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ ...
BioinformaticsHGNC数据库简介
人类基因命名委员会(HUGO Gene Nomenclature Committee);人类基因组命名委员会! 其实有了NCBI的entrez ID，然后还有refseq里面的ID，还有ensembl...
Epigenetics使用REST API批量下载ENCODE数据
本篇主要内容 本篇主要介绍两种方法，搜索并批量下载ENCODE数据。 方法一：在页面中搜索并获取下载地址 进入ENCODE portal主页：https://www.encodeproject.org...
Evolution利用Evolview美化进化树教程和使用方法
前面给大家推荐过Evolview，推荐一款强大的进化树编辑软件，今天给大家详细介绍如何使用这个在线工具，教你如何绘制高颜值的进化树。 1.Evolview简介 Evolview可在线进行系统进化分析，...
GenomicsBRIG-原核生物比较基因组圈图展示神器
细菌基因组比较分析是时下很火热的研究方向，通过比较能够获得两个或多个基因组之间的共性及异性，在系统进化分析，物种分类鉴定，功能研究等领域中具有重要价值。 如何直观地展示基因组结构之间的相似性？BRIG...
Machine LearningKMeans中自动K值的确认方法
1 前言 聚类常用于数据探索或挖掘前期，在没有做先验经验的背景下做的探索性分析，也适用于样本量较大情况下的数据预处理等方面工作。例如针对企业整体用户特征，在未得到相关知识或经验之前先根据数据本身特点...