RNA-Seq分析新工具 Transcriptomics

RNA-Seq分析新工具

利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法,在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是:做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...
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基于R绘制竞争风险模型列线图 Statistics

基于R绘制竞争风险模型列线图

题记:我们在以前的文章中介绍了竞争风险模型的R语言实现,今天我们与各位朋友分享如何基于竞争风险模型绘制列线图,以飨读者。 1. 背景知识 在观察某事件是否发生时,如果该事件被其他事件阻碍,即存在所谓“...
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BRIG-原核生物比较基因组圈图展示神器 Genomics

BRIG-原核生物比较基因组圈图展示神器

细菌基因组比较分析是时下很火热的研究方向,通过比较能够获得两个或多个基因组之间的共性及异性,在系统进化分析,物种分类鉴定,功能研究等领域中具有重要价值。 如何直观地展示基因组结构之间的相似性?BRIG...
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KMeans中自动K值的确认方法 Machine Learning

KMeans中自动K值的确认方法

1  前言 聚类常用于数据探索或挖掘前期,在没有做先验经验的背景下做的探索性分析,也适用于样本量较大情况下的数据预处理等方面工作。例如针对企业整体用户特征,在未得到相关知识或经验之前先根据数据本身特点...
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聚类算法——k均值和层次聚类 Machine Learning

聚类算法——k均值和层次聚类

看看下面这张图,有各种各样的虫子和蜗牛,你试试将它们分成不同的组别? 完成了吗?尽管这里并不一定有所谓的「正确答案」,但一般来说我们可以将这些虫子分成四组:蜘蛛、蜗牛、蝴蝶/飞蛾、蜜蜂/黄蜂。 很简单...
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聚类分析:k-means和层次聚类 Machine Learning

聚类分析:k-means和层次聚类

尽管我个人非常不喜欢人们被划分圈子,因为这样就有了歧视、偏见、排挤和矛盾,但“物以类聚,人以群分”确实是一种客观的现实——这其中就蕴含着聚类分析的思想。 前面所提到的机器学习算法主要都是分类和回归,这...
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