Genomics

利用MISA鉴定简单重复序列(SSR)

在基因组中存在着大量的重复序列,根据其重复的程度可分为简单重复序列、中度重复序列和高度重复序列。简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)在真核生物基因组中广泛存在,一般是以...
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Bioinformatics

PCR引物设计及评价

一、引物设计原则 聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或DNA 序列的方法,故又称基因的体外扩增法。PCR技术已成为分子生物学...
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Bioinformatics

快速计算fasta序列长度的方法

最近看了一下进入PLoB的网页来路分析,看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题,这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一:linux下用awk计算fasta...
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Bioinformatics

多重序列比对及系统发生树的构建

在现代分子进化研究中,根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断,将揭示出有关生物进化过程的顺序,有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 对于一个完...
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Bioinformatics

核酸序列分析教程

原理 针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找基因,找出基因的位置和功能位点的位置,以及标记已知的序列模式等过程。在此过程中,确认一段DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持。一般而言,在重复片段频繁出...
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Bioinformatics

5.分子进化(生物信息学教程系列)

生物信息学教程系列 第五章 5 分子进化 分子进化钟的发现与中性理论的提出,极大地推动了进化尤其是分子进化研究,填补了人们对分子进化即微观进化认识上的空白,推动进化论的研究进入分子水平,并建立了一套依...
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