安装BreakDancer总共需要完成以下三个软件的安装工作 Perl Samtool BreakDancer Software 安装perl语言 （一般linux系统已经自带了）以及相关的packa...
Blast2GO使用方法详解（命令界面）
第一步：利用BLAST作比对 下载NCBI的nr数据库 NCBI的nr数据库一般可以从ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ 下载，里面nr库有两种格式，一种是原始的nr蛋白...
Promoter预测的相关软件及各个软件比较
在过去几年各个实验室都开发了不同的Promoter prediction program（启动子预测软件），但每个promoter预测软件设计的立足点各有差异，如何选择一直以来是大家比较关注的问题。 ...
几个有趣的R代码
此图代表我的心 [code lang="R"] n=50000; r=0.7;r_e=(1-r*r)^.5; X=rnorm(n); Y=X*r+r_e*rnorm(n); Y=ifelse(X>...
深度（depth）与覆盖度（coverage）
假想实验 对长100bp的目标区域进行捕获测序：采用单端测序，每个read长5bp；总共得到了200个reads；把所有的reads比对到目标区域后，100bp的目标区域中有98bp的位置至少有1个r...
perl的LWP模块简单介绍
一 LWP::Simple 功能 1. 如何在Perl中使用该模块？ [code lang="perl"] use LWP::Simple; [/code] 2. 如何获取一个页面内容？ [code ...
用perl提取HTML 网页内容
利用LWP::Simple模块，提取网页源代码，赋值给一个字符串变量，然后再进行后续分析，比如部分文件的提取等等： [code lang="perl"] use LWP::Simple qw(get)...
利用R画Venn（文氏图、韦恩）图
[code lang="R"] > library(VennDiagram) Loading required package: grid Warning message: package 'V...
DNA各种序列格式介绍
1.Plain格式 A sequence in plain format may contain only IUPAC characters and spaces (no numbers!). Not...
What is scaffold?
A scaffold is a portion of the genome sequence reconstructed from end-sequenced whole-genome shotgun...