下载最新版GO

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所属分类:Bioinformatics

首先要明白,需要下载什么?

要下载四万多条GO记录的详细信息(http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo

要下载GO与GO之间的关系(http://archive.geneontology.org/latest-termdb/go_daily-termdb-tables.tar.gz

要下载GO与基因之间的对应关系!(物种)(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA

去官网!

http://geneontology.org/page/download-ontology

image001

grep ‘\[Term\]’ go-basic.obo |wc

43992   43992  307944

版本的区别!刚才我们下载的GO共有43992条,而以前的版本才38804条

image002

GO与GO之间的关系

image003

对应关系也在更新

> as.list(GOBPPARENTS[‘GO:0000042′])

$`GO:0000042`

is_a         is_a         is_a         is_a

“GO:0000301″ “GO:0006605″ “GO:0016482″ “GO:0072600″

image004

library(org.Hs.eg.db)

library(GO.db)

> tmp=toTable(org.Hs.egGO) ##这个只包括基因与最直接的go的对应关系

> dim(tmp)

[1] 213101      4

> tmp2=toTable(org.Hs.egGO2ALLEGS) #这个是所有的基因与go的对应关系

> dim(tmp2)

[1] 2218968       4

基因与GO的对应关系也在更新

grep ‘^9606′ gene2go |wc -l  ### ##这个只包括基因与最直接的go的对应关系

269063

 

ftp://ftp.informatics.jax.org/pub/reports/index.html#go

http://www.ebi.ac.uk/QuickGO

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA

ftp://ftp.informatics.jax.org/pub/reports/index.html#go

原文来自:http://www.bio-info-trainee.com/1211.html

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