JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器

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所属分类:Genomics

JBrowse要展示数据达到一定量级之后,如何方便管理这些track就成了一个问题,JBrowse支持三种track选择器:

  • JBrowse/View/TrackList/Simple:已经作古的选择方法
  • JBrowse/View/TrackList/Hierarchical:默认通过勾选的方法选择需要展示的track
  • JBrowse/View/TrackList/Faceted:本文要介绍的分面搜索选择器(Track faceted track selector),如下图所示

JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器-1

faceted track selector

如何配置

请先修改JBrowse根目录下的“jbrowse.conf”文件成下图形式

JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器-2

jbrowse.conf

然后新增一个bigwig track,之后以这个track为例进行讲解

bin/add-bw-track.pl --label 2cell --bw_url data/test.bw

方法1

data/trackList.json进行修改,主要是增加“metadata"行

JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器-3

修改前

JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器-4

修改后

于是就在分面器中就会根据metadata里信息对数据智能归类

JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器-5

选项

这样手工增加metadata实在是太浪费时间了, 所以JBrowse还还有一种比较快捷的方式

方法2

JBrowse支持csv格式加载metadata。首先修改jbrowse下的"jbrowse.conf"如下项,这样jbrowse就会从data/trackMetadata.csv中加载信息。

JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器-6

image.png

随后,我们将原来的已有数据导出成csv格式便于修改

这里的jq需要去https://stedolan.github.io/jq下载安装。

cat trackList.json| jq -r '.tracks[] | [.label,.key] | @csv' > trackMetadata.csv

生成的csv文件可以下载到本地,用Excel进行调整,调成完成后覆盖原文件就行了,例如下面这个情况

JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器-7

CSV文件

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