TranscriptomicsRNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown) Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了,四年前关于这两个软件的使用,Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件,具体可以参考《利用top... 08月31日16,4931 RNA-seq 转录组 阅读全文
BioinformaticsTophat+cufflinks 学习笔记 整个分析用TopHat进行比对,比对完成后将比对输出作为cufflinke拼接的输入(单独拼接),将单独拼接的结果使用cuffmerge混合,然后使用cuffdiff做差异,使用r软件包CummeRb... 12月22日14,759评论Cufflinks tophat 阅读全文
Bioinformatics转录组比对软件tophat的使用 为什么要用这个软件?:因为转录组reads比对到基因组reads用bwa和bowtie的效果都不够好,所以我们选择tophat 它做了什么?:tophat把测序的转录组的原始reads比对到了参考基因... 08月14日3,469评论tophat 转录组 阅读全文
Bioinformatics使用TopHat分析RNA-Seq结果 TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本,当然也可以使用原代码编译适合自己... 01月26日11,936评论RNA-seq tophat 阅读全文
BioinformaticsTophat中-r/–mate-inner-dist参数 随着测序技术的蓬勃发展,转录组测序中Tophat的应用愈来愈频繁。但是很多论坛,博客等,都在针对Tophat中-r/--mate-inner-dist参数的解释不禁让我觉得有些不妥。 版本一: -r ... 12月04日5,0082tophat 阅读全文
Transcriptomics利用tophat和Cufflinks做转录组差异表达分析的步骤详解 今天一个同学给我推荐一篇Nature Protocol 上文章,关于转录组差异表达分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表,说实在这篇文章着实让我觉得有点“另类”。这是一篇活生生的利用Bowtie、t... 11月10日30,2332差异表达 转录组 阅读全文
TranscriptomicsTopHat的安装与使用 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions)。 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bo... 10月23日13,5141 RNA-seq samtools 阅读全文
Transcriptomics利用转录组测序如何研究选择性剪接规律? 利用转录组测序如何研究选择性剪接规律? 答:在真核生物中,选择性剪接现象普遍存在。基因转录形成的mRNA前体(pre-mRNA)在剪接过程中因去掉不同的内含子区域或保留不同的外显子区域,可形成不同的剪... 06月05日4,3431 tophat 转录组 阅读全文