Tophat+cufflinks组合是RNA-Seq数据分析的一个很经典的分析方法了，四年前关于这两个软件的使用，Nature Protocol专门发文介绍如何使用这两个软件，具体可以参考《利用top...
RNA-Seq数据分析新方法流程(HISAT、StringTie和Ballgown)
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Tophat+cufflinks 学习笔记
整个分析用TopHat进行比对，比对完成后将比对输出作为cufflinke拼接的输入（单独拼接），将单独拼接的结果使用cuffmerge混合，然后使用cuffdiff做差异，使用r软件包CummeRb...
转录组比对软件tophat的使用
为什么要用这个软件？：因为转录组reads比对到基因组reads用bwa和bowtie的效果都不够好，所以我们选择tophat 它做了什么？：tophat把测序的转录组的原始reads比对到了参考基因...
使用TopHat分析RNA-Seq结果
TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己...
Tophat中-r/–mate-inner-dist参数
随着测序技术的蓬勃发展，转录组测序中Tophat的应用愈来愈频繁。但是很多论坛，博客等，都在针对Tophat中-r/--mate-inner-dist参数的解释不禁让我觉得有些不妥。 版本一： -r ...
利用tophat和Cufflinks做转录组差异表达分析的步骤详解
今天一个同学给我推荐一篇Nature Protocol 上文章，关于转录组差异表达分析。尚在正式通读之前习惯性浏览一遍图表，说实在这篇文章着实让我觉得有点“另类”。这是一篇活生生的利用Bowtie、t...
TopHat的安装与使用
TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上，从而鉴定可变剪切（exon-exon splice junctions）。 安装 最简单的安装方法，注意版本 下载Bo...
利用转录组测序如何研究选择性剪接规律?
利用转录组测序如何研究选择性剪接规律? 答：在真核生物中，选择性剪接现象普遍存在。基因转录形成的mRNA前体（pre-mRNA）在剪接过程中因去掉不同的内含子区域或保留不同的外显子区域，可形成不同的剪...