翻译 英文原文 在生物信息学中翻译的概念有两种，一是将任意核苷酸序列从头到位顺次翻译；二是将真实的编码序列，如mRNA或cDNA，翻译成相应的氨基酸序列。Bioperl都可处理。 任何alphabet...
详解Bioperl的序列对象（Bioperl HOWTO翻译7）
序列对象 英文原文 前面涉及到了很多序列对象，展示了序列对象的一些创建和使用方法。这里来详细描述序列对象的功能。 下表列出了序列对象的‘方法’（面向对象编程中的概念，见前文；表的内容就不翻译了）。‘r...
Bioperl从网络数据库中提取多个序列（Bioperl HOWTO翻译6）
从网络数据库中提取多个序列 英文原文 虽然有很多更复杂的方法从Genbank中提取多个序列，这里只展示一个比较“生物学”的办法，即利用Bio::DB::Query::GenBank模块。查询Genba...
Bioperl从网络数据库中提取一个序列（Bioperl HOWTO翻译5）
从网络数据库中提取一个序列 英文原文 Bioperl强大的功能之一就是可以从各种类型的资源中提取序列而不用考虑其格式，序列文件、网络数据库、本地数据库等。在此举例说明如何利用Bio::DB::Genb...
利用bioperl读取复杂序列
Genbank序列描述的内容就非常丰富（类似的还有SwissProt，EMBL等格式的序列），除了名称、描述和序列字符串以外还有序列号、形状（线状还是环状？）、发布日期、所属物种以及序列内包含的基因、...
Bioperl:从本地文件中获取fasta序列
从NCBI上下载一个fasta格式的文件，20条WRKY家族基因的蛋白序列，wrky.fasta 文件准备好了，我们想知道它的名称、描述和序列内容！有了这些信息，我们就可以做别的事情，比如判断它是DN...
bioperl的安装
1. 对于UNIX用户 （1）下载BioPerl的源代码，并解压。我提供两个网址： http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz http://searc...
Bioperl从文件中提取序列（Bioperl HOWTO翻译4）
从文件中提取序列 英文原文 新手会不太习惯使用Bio::SeqIO来处理序列文件。从某些方面可以理解，因为学过了Perl一般的处理文件方式，会对Bioperl的方式不习惯，或者认为比较复杂。但使用op...
Bioperl输出序列文件（Bioperl HOWTO翻译3）
输出序列文件 英文原文 下面将展示如何利用两个模块创建一个序列文件。上例中，已经有了一个序列对象$seq_obj，然后需要创建另一个用于读写文件的对象，SeqIO对象。IO表示Input-Output...
Bioperl创建序列对象（Bioperl HOWTO翻译2）
创建序列（序列对象） 英文原文 第一个脚本先来学习如何创建一个序列，准确的说是一个序列对象。Bioperl是“面向对象”方式的。至于为什么要用“面向对象”，Why introduce these od...