GenomicsIllumina测序数据的质量控制 我们先来看一下不同平台数据格式: 1. 产出数据格式 Solexa—fastq 2. 产出数据格式 454—fasta 测序读长即每条测序读断的长度,所有平时大家叫的read... 03月08日8,699评论Illumina 阅读全文
Bioinformatics关于illumina产生的测序源文件bcl转换成fastq格式的问题 由于连接测序仪的服务器不知道哪里抽了风,无法直接的生成fastq格式的文件,好久都无解,经过一段时间仍无法解决,所以采用曲线救国的方法,看能不能利用三方软件将bcl转换成fastq文件 google以... 02月25日4,089评论Illumina 测序仪 阅读全文
BioinformaticsSRA文件格式转换 最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式,不再支持*.fastq.gz,因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。 下载地址: http://www.ncbi.nlm... 05月23日11,0415Illumina SRA 阅读全文
Bioinformatics三代测序数据pacbio数据处理 三代测序仪现在逐步投入正式使用之中,目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长,最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp,平... 05月12日12,0172454 reads 阅读全文
BioinformaticsIllumina 测序仪介绍 Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发,利用其专利核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结(reversible terminator)”,实现自动化... 04月01日4,094评论sequencing 测序 阅读全文
TranscriptomicsRNAseq测序reads定位 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理.... 11月26日5,358评论mRNA RNAseq 阅读全文