我们先来看一下不同平台数据格式： 1. 产出数据格式 Solexa—fastq 2. 产出数据格式 454—fasta 测序读长即每条测序读断的长度，所有平时大家叫的read...
Genomics
Genomics
Bioinformatics
关于illumina产生的测序源文件bcl转换成fastq格式的问题
由于连接测序仪的服务器不知道哪里抽了风，无法直接的生成fastq格式的文件，好久都无解，经过一段时间仍无法解决，所以采用曲线救国的方法，看能不能利用三方软件将bcl转换成fastq文件 google以...
Bioinformatics
SRA文件格式转换
最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式，不再支持*.fastq.gz，因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。 下载地址: http://www.ncbi.nlm...
Bioinformatics
三代测序数据pacbio数据处理
三代测序仪现在逐步投入正式使用之中，目前三代测序例如pacbio数据大的特点之一就是测序得到的reads特别长，最近我开展的一个项目中利用pacbio测序的到的reads中最长的到了23165bp，平...
Bioinformatics
Illumina 测序仪介绍
Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发，利用其专利核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结（reversible terminator）”，实现自动化...
Transcriptomics
RNAseq测序reads定位
获得RNA-seq的原始数据后，首先需要将所有测序读段通过序列映射（mapping）定位到参考基因组上，这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前，有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理....