GATK4基本概念整理 Genomics

GATK4基本概念整理

GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写,是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件,是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外...
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GATK4.0和全基因组数据分析实践 Genomics

GATK4.0和全基因组数据分析实践

前言 在前面的一系列WGS文章中,我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉,虽然许多同学觉得很有帮助,但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程,不能得到直观的体会。许多读者也纷...
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快速入门GATK Bioinformatics

快速入门GATK

GATK,全称是Genome Anlysis Toolkit,顾名思义,是一套用于分析基因组的工具箱。主要功能是寻找变异位点和基因分型,但是实际上功能超多,导致初学者都不知道从何学习GATK。 最近因...
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GATK使用方法详解(初步分析) Bioinformatics

GATK使用方法详解(初步分析)

这一步主要是对上面所得到的最终vcf中的结果进行一些初步的分析,比如计算这些变异位点在dbsnp中的比例、Ti/Tv的比例、每个样本中的snp数量……。此外,还可以对变异位点的同义/非同义突变进行统计...
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