在医学统计学中，有三个关于比值的概念，分别为相对危险度（relative risk，RR，也称 risk ratio）、风险比（hazard ratio，HR）和优势比（odds ratio，OR）。...
RR值的含义与解释
RR值，（Risk Ratio）称为相对危险度，或者危险比，实质就是两个率的比，是两组真实发病率、患病率或死亡率的比值。而我们介绍过，OR值是两个比值的比。通常是病例组中暴露和非暴露的比例比上对照组里...
关于illumina产生的测序源文件bcl转换成fastq格式的问题
由于连接测序仪的服务器不知道哪里抽了风，无法直接的生成fastq格式的文件，好久都无解，经过一段时间仍无法解决，所以采用曲线救国的方法，看能不能利用三方软件将bcl转换成fastq文件 google以...
盘点癌症中的microRNA
microRNA是癌症个性化医疗的希望，人们一直希望能够解析它们的确切作用机理，并将其应用于临床。然而事实证明，这是一项充满挑战性的工作。 MicroRNA是可以沉默基因表达的非编码单链短RNA分子。...
GATK使用
首先说说GATK可以做什么。它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling，包括SNP、INDEL。比如现在风行的exome sequencing找variant，一般通过...
陈连福的NGS生物信息学培训教材V2.1
序： 我是陈连福。于2005进入华中农业大学，开始进入生物学大门。至今（2014年）在生物信息学的NGS分析领域有了一点建树，对NGS分析有了一些摸索和经验。 有感于NGS生物信息分析入门艰难，精通更...
Sanger测序原理
毛细管电泳原理：
Pyrosequencing测序原理视频
每个dNTP被聚合酶加到DNA链上时，都会放一个焦磷酸分子 焦磷酸可以被焦磷酸酶降解成一个ATP和一个AMP 荧火虫酶能够把ATP再水解，同时发出一个荧光光子 测序时，把4个dNTP轮番加入反应体系中...
用R语言绘制韦恩图
R中提供了多个可用于绘制韦恩图的软件包，本文主要是介绍的是VennDiagram包。 安装VennDiagram包： install.packages("VennDiagram") 首先加载相应的软件...
linux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式宏基因组数据
1、首先安装Aspera 参考《使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据》，保证该软件在服务器上已经可用。 测试代码，注意最后有个点，代表下载到当前目录下： ascp -i /your-p...