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使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据

做基因组数据分析,可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据,动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结,这时就要用到神器-Aspera了。 使用Aspera,最简单的方...
07/3125,2172
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Script

利用Biperl获取序列基本统计信息(Bioperl HOWTO翻译9)

获取序列基本统计信息 英文原文 除了前面讲的可通过序列对象的不同方法来获取序列文件中已有的序列信息,也可以利用bioperl获取序列的其他一些信息。例如,SeqStats对象可以获取序列的分子质量,单...
07/312,698评论
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Script

利用Biperl进行本地blast(Bioperl HOWTO翻译10)

BLAST 英文原文 (译者注:可以先参考这两篇文章:1)本地blast   2)perl脚本提取BLAST结果中的信息【以tblastn为例】 ) bioperl有很多序列分析软件的接口,这意味着可...
07/313,348评论
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