Bioinformatics

MUMmer使用介绍

MUMmer是一个快速比对两个基因组序列的软件。在一个普通的linux机器上,比对两个3~4Mb的基因组所需要的时间只要30秒不到。其余还有很多功能将在下面详细说明。 MUMmer的主页为http:/...
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ncRNA

miRTarbase简介

miRTaebase是台湾那边搞的一个专门收集有实验证据支持microRNA及其靶基因间关系的数据库,虽然收录数据不多但是还是蛮好用的,抽了点时间把资料整理了一下。整个数据库内容下载下来一张Excel...
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Bioinformatics

如何向NCBI提交序列(在线提交法)

这里将要介绍的是如何向NCBI数据库直接提交你的DNA或RNA序列,结合本人的实际设计操作经验来给大家一个简单便捷的方法。因为我本人也是最近摸索出来的经验总结,希望对打算提交序列的同学有所指导帮助。 ...
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组学数据分析IPA入门讲座

如果您的研究领域涉及表达谱、蛋白质组、microRNA、代谢组的数据分析; 如果您在课题设计时需要查询疾病研究进展、已发现的相关基因信息、生物标志物信息、目标基因的互作网络情况; 如果您还在头疼如何筛...
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Statistics

【SPSS】简单相关分析

马克思说联系是普遍的,世界上一切事物都处于普遍联系之中!相关就是联系的一种。谈到相关,肯定是至少两个变量间的关系,一个变量是无所谓相关的。根据两个变量的类型不同,在考察相关时用到的相关指标也会不同。一...
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Bioinformatics

我的研究需要多大的样本量?

我的研究需要多大样本量?我的研究样本量已经有了,有多大概率可以得出有统计学意义的统计结果(这个样本量值得去做研究吗)?这些问题都可以通过功效分析(Power Analysis)来解决。 要进行功效分析...
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Statistics

线性回归中的方差齐性探察

方差齐性,或者叫等方差性、同方差性,字面意思就是两组或多组的方差在统计学上相等,在方差分析或t检验中,取值相同的自变量水平有很多,因变量有充足的信息对方差进行分析。但在直线回归中,每个自变量“水平”的...
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Statistics

线性回归中的正态分布

统计方法一般都有其适用的条件,或者说是必须满足的统计假设。使用线性回归需要满足线性、独立性、正态性、方差齐性、自变量间不存在多重共线、因变量为连续变量。不考虑前提条件地生搬硬套,也不对模型进行诊断,只...
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Statistics

多元正态分布检验的R实现方法

上一次笔记刚刚谈过多元正态分布检验的STATA操作,方法相对单一,本次笔记继续这个这个话题,这次换用R。不是说R是靠程序命令来完成操作的吗?是的,不妨先来一段感受一下: setwd("D:/Temp"...
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