Script使用mamba加快conda安装软件速度 conda 是⼀个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。但是使用conda时经常会发现安装很慢,除了最基本的网络问题可以换成国内镜像来解决,c... 06月04日790评论Conda python 阅读全文
TranscriptomicsCell Ranger 输出文件介绍 利用cell ranger分析scRNA-Seq数据后一般会得到这三个文件, barcodes.tsv.gz # 每个barcode代表一个cell features.tsv.gz # 每个feat... 03月18日1,285评论CellRanger 单细胞测序 阅读全文
ScriptLinux命令解释工具 很多同学刚接触生物信息的时候,对linux的命令多少存在一些恐惧和障碍。不知道为什么要敲这一对命令,他们的参数是什么意思。这里跟大家分享一个有趣的linux命令学习网站。它能够帮助大家很好地去理解li... 03月29日7,272评论linux 阅读全文
Epigenetics各种染色体元件鉴定方法比较 最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据,于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍,做了简单修改放在这里跟大家分... 03月01日6,736评论atac-seq chip-seq 阅读全文
Machine Learning深度学习参数优化和训练技巧总结 寻找合适的学习率(learning rate) 学习率是一个非常非常重要的超参数,这个参数呢,面对不同规模、不同batch-size、不同优化方式、不同数据集,其最合适的值都是不确定的,我们无法光凭经... 06月15日1,070评论学习率 深度学习 阅读全文
Machine Learning快速图文理解卷积神经网络(CNN) 一、引子————边界检测 我们来看一个最简单的例子:“边界检测(edge detection)”,假设我们有这样的一张图片,大小8×8: 图片中的数字代表该位置的像素值,我们知道,像素值越大,颜色越亮... 08月30日2,144评论CNN 卷积神经网络 阅读全文