很多同学刚接触生物信息的时候，对linux的命令多少存在一些恐惧和障碍。不知道为什么要敲这一对命令，他们的参数是什么意思。这里跟大家分享一个有趣的linux命令学习网站。它能够帮助大家很好地去理解li...
ScriptLinux命令解释工具
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Epigenetics各种染色体元件鉴定方法比较
最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据，于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍，做了简单修改放在这里跟大家分...
ScriptR语言画图、数据分析、机器学习快速参考手册
在做生物信息数据分析中，R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡，其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...
BioinformaticsGSEA分析结果详细解读
在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水...
Bioinformatics怎么分析关注的功能基因集在转录组结果中表现如何？
拿到转录组数据之后，很多人最关心的恐怕就是差异基因的富集分析了，它阐明了实验中样本差异在基因功能上的体现。 但有时候，我们在设计实验的时候就已经对某些特定功能的基因集特别关注了，那么如何分析这些基因集...
BioinformaticsGSEA结果解读
1 Enrichment score（ES） ES是GSEA最初的结果，反应全部杂交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理：扫描排序序列，当出现一个功能集中的gene时，增...
Bioinformatics利用GEM-library创建基因组Mappability文件
现在测序应用越来越广泛，各种Seq满天飞，譬如ChIP-Seq, DNase-Seq等等。在align完测序的reads后，有些位置reads多有些位置reads 少。除了本身的生物特性外是否还与其他...
hiddenTaxonomy利用R的包flexmix实现有限混合模型分析
Script利用R的包flexmix实现有限混合模型分析
最近一个课题需要对基因表达数据进行混合模型（mixture modeling）分析，主要是两个高斯分布混合模型。看到其他人的文章中提及到flexmix包，大致了解了一下，发现很强大。关于它的使用，我发...
Machine Learning理解深度学习中的学习率及多种选择策略
学习率是最影响性能的超参数之一，如果我们只能调整一个超参数，那么最好的选择就是它。相比于其它超参数学习率以一种更加复杂的方式控制着模型的有效容量，当学习率最优时，模型的有效容量最大。本文从手动选择学习...