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Linux命令解释工具
很多同学刚接触生物信息的时候,对linux的命令多少存在一些恐惧和障碍。不知道为什么要敲这一对命令,他们的参数是什么意思。这里跟大家分享一个有趣的linux命令学习网站。它能够帮助大家很好地去理解li...

各种染色体元件鉴定方法比较
最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据,于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍,做了简单修改放在这里跟大家分...

深度学习参数优化和训练技巧总结
寻找合适的学习率(learning rate) 学习率是一个非常非常重要的超参数,这个参数呢,面对不同规模、不同batch-size、不同优化方式、不同数据集,其最合适的值都是不确定的,我们无法光凭经...

快速图文理解卷积神经网络(CNN)
一、引子————边界检测 我们来看一个最简单的例子:“边界检测(edge detection)”,假设我们有这样的一张图片,大小8×8: 图片中的数字代表该位置的像素值,我们知道,像素值越大,颜色越亮...

R语言画图、数据分析、机器学习快速参考手册
在做生物信息数据分析中,R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡,其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...

WGCNA的全自动安装方法
随着现在测序价格不断走低,转录组数据爆炸式增长,WGCNA被广泛应用于基因共表达网络分析。这里介绍一下WGCNA的全自动安装方法。 前提: 在电脑或者服务器中安装R version 3.0.0或更高的...