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ScriptLinux命令解释工具
很多同学刚接触生物信息的时候，对linux的命令多少存在一些恐惧和障碍。不知道为什么要敲这一对命令，他们的参数是什么意思。这里跟大家分享一个有趣的linux命令学习网站。它能够帮助大家很好地去理解li...
Epigenetics各种染色体元件鉴定方法比较
最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据，于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍，做了简单修改放在这里跟大家分...
Machine Learning快速图文理解卷积神经网络（CNN）
一、引子————边界检测 我们来看一个最简单的例子：“边界检测（edge detection）”，假设我们有这样的一张图片，大小8×8： 图片中的数字代表该位置的像素值，我们知道，像素值越大，颜色越亮...
ScriptR语言画图、数据分析、机器学习快速参考手册
在做生物信息数据分析中，R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡，其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...
BioinformaticsGSEA分析结果详细解读
在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水...
Bioinformatics怎么分析关注的功能基因集在转录组结果中表现如何？
拿到转录组数据之后，很多人最关心的恐怕就是差异基因的富集分析了，它阐明了实验中样本差异在基因功能上的体现。 但有时候，我们在设计实验的时候就已经对某些特定功能的基因集特别关注了，那么如何分析这些基因集...