很多同学刚接触生物信息的时候，对linux的命令多少存在一些恐惧和障碍。不知道为什么要敲这一对命令，他们的参数是什么意思。这里跟大家分享一个有趣的linux命令学习网站。它能够帮助大家很好地去理解li...
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Epigenetics
各种染色体元件鉴定方法比较
最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据，于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍，做了简单修改放在这里跟大家分...
Script
R语言画图、数据分析、机器学习快速参考手册
在做生物信息数据分析中，R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡，其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...
Bioinformatics
利用GEM-library创建基因组Mappability文件
现在测序应用越来越广泛，各种Seq满天飞，譬如ChIP-Seq, DNase-Seq等等。在align完测序的reads后，有些位置reads多有些位置reads 少。除了本身的生物特性外是否还与其他...
hiddenTaxonomy
利用R的包flexmix实现有限混合模型分析
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利用R的包flexmix实现有限混合模型分析
最近一个课题需要对基因表达数据进行混合模型（mixture modeling）分析，主要是两个高斯分布混合模型。看到其他人的文章中提及到flexmix包，大致了解了一下，发现很强大。关于它的使用，我发...
Machine Learning
理解深度学习中的学习率及多种选择策略
学习率是最影响性能的超参数之一，如果我们只能调整一个超参数，那么最好的选择就是它。相比于其它超参数学习率以一种更加复杂的方式控制着模型的有效容量，当学习率最优时，模型的有效容量最大。本文从手动选择学习...
Epigenetics
一文了解ATAC-seq
Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing（ATAC-Seq）即利用转座酶探究可接近性染色质高通...
Evolution
Evoview：进化树的装饰与美化
在之前的Evolview系列文章已为大家介绍过进化树与条形图、点图、热图以及蛋白结构域组合绘制，今天重点介绍进化树的装饰以及按簇进行分组美化。比如，学习绘制Evolview最美的一个展示案例（show...
Genomics
gggenes绘制多物种基因结构比较
gggenes是ggplot2的扩展包，用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。https://wilkox.org/gggenes/ 安装 一种是安装稳定版本的gggene instal...