很多同学刚接触生物信息的时候，对linux的命令多少存在一些恐惧和障碍。不知道为什么要敲这一对命令，他们的参数是什么意思。这里跟大家分享一个有趣的linux命令学习网站。它能够帮助大家很好地去理解li...
ScriptLinux命令解释工具
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Epigenetics各种染色体元件鉴定方法比较
最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据，于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍，做了简单修改放在这里跟大家分...
Machine Learning快速图文理解卷积神经网络（CNN）
一、引子————边界检测 我们来看一个最简单的例子：“边界检测（edge detection）”，假设我们有这样的一张图片，大小8×8： 图片中的数字代表该位置的像素值，我们知道，像素值越大，颜色越亮...
ScriptR语言画图、数据分析、机器学习快速参考手册
在做生物信息数据分析中，R的使用是非常普遍。利用R来做数据处理和画图几乎是家常便饭。这里跟大家分享各种R package使用手册的简要版手卡，其中包括ggplot画图、R中数据操作、机器学习等等。下面...
BioinformaticsGSEA分析结果详细解读
在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水...
Bioinformatics怎么分析关注的功能基因集在转录组结果中表现如何？
拿到转录组数据之后，很多人最关心的恐怕就是差异基因的富集分析了，它阐明了实验中样本差异在基因功能上的体现。 但有时候，我们在设计实验的时候就已经对某些特定功能的基因集特别关注了，那么如何分析这些基因集...
BioinformaticsGSEA结果解读
1 Enrichment score（ES） ES是GSEA最初的结果，反应全部杂交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理：扫描排序序列，当出现一个功能集中的gene时，增...
Bioinformatics利用GEM-library创建基因组Mappability文件
现在测序应用越来越广泛，各种Seq满天飞，譬如ChIP-Seq, DNase-Seq等等。在align完测序的reads后，有些位置reads多有些位置reads 少。除了本身的生物特性外是否还与其他...
hiddenTaxonomy利用R的包flexmix实现有限混合模型分析
Script利用R的包flexmix实现有限混合模型分析
最近一个课题需要对基因表达数据进行混合模型（mixture modeling）分析，主要是两个高斯分布混合模型。看到其他人的文章中提及到flexmix包，大致了解了一下，发现很强大。关于它的使用，我发...