在bismark中提供了两种生成html报告的方式，对应两个命令 bismark2report bismark2summary 第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后，都会生成一个report 文...
bismark 识别甲基化位点-可视化篇
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methylKit 进行差异甲基化分析
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包，不仅支持WGBS，RRBS和目的区域甲基化测序，还支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲...
bsseq 进行差异甲基化分析
bsseq 主要用来分析WGBS的数据, 安装过程如下 source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) biocLite(“bsseq”) bsseq的分析主...
DNA甲基化测序方法介绍
DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。 DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲...
甲基化数据分析
相关的分析软件： methylKit： https://code.google.com/p/methylkit/ BSMAP：https://code.google.com/p/bsmap/ MOAB...
DNA甲基化分析流程和软件集锦
DNA甲基化分析流程示意图 Workflow of high-throughput DNA methylation analysis. The workflow shows the ba...
如何研究基因调控(专家点评)
随着基因组学研究的深入，人们已经不再满足于了解基因的功能，而是对基因调控表现出愈加浓厚的兴趣。现在，我们知道，DNA甲基化和组蛋白修饰可调控基因，microRNA和非编码RNA也可以。基因调控的研究工...