用limma对芯片数据做差异分析 Transcriptomics

用limma对芯片数据做差异分析

用基因芯片的手段来探针基因表达量的技术虽然已经在逐步被RNA-seq技术取代,但毕竟经历了十多年的发展了,在GEO或arrayexpress数据库里面存储的全球研究者数据都已经超过了50PB了!实在是...
阅读全文
纵观转录组研究 Transcriptomics

纵观转录组研究

如今人们进行转录组分析大多是在第二代测序平台上进行RNA-seq,将样品中的RNA反转录为cDNA,构建测序文库,再进行测序分析。随着RNA-seq技术的逐渐普及,自然也出现了许多RNA-seq分析工...
阅读全文
芯片数据分析介绍 Bioinformatics

芯片数据分析介绍

芯片分析概述 随着基因芯片技术的普及,基因表达数据大量产生,如何充分利用这些数据并从中提取有用的生物学知识,是生物信息学所面临的一个迫切问题。简要来说,生物芯片数据分析流程大体可分成以下几个阶段。 扫...
阅读全文
常用的SNP检测方法 Genomics

常用的SNP检测方法

SNP 是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性,在群体中的发生频率不小于1 %。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) ...
阅读全文