刘万飞 王西亮 赵宇慧 曾瀞瑶 耿佳宁 胡松年 中国科学院北京基因组研究所 摘要: 随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要。就基于第二代测序技术的...
基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略
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ChIP-Seq综述
简介 ChIP-Seq：用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 ChIP-Se...
超越5种碱基的DNA测序
DNA测序已经为科学家提供了丰富的关于生物系统的信息，不过迄今为止的研究大多集中在对基因组DNA序列和重亚硫酸盐处理后的碱基序列进行比较，分析四种标准碱基和5-甲基胞嘧啶。研究显示核苷酸的许多其他化学...
测序常见问题深度分析（四）引物降解（不纯）
在测序过程中，引物质量是影响测序结果的一个重要因素，由于载体测序通常使用的是载体上的通用引物，而且是由测序公司提供，因此一般不会出现问题。而 PCR产物测序使用的是个人自己设计并合成的引物，引物的质量...
测序常见问题深度解析（三）碱基缺失
碱基缺失其实是双模板的一种特殊形态，指某一样品在某一碱基后包含两类片段，其中一条片段比另一条片段少（或多）几bp或几十bp，因此在峰图上表现为从某处开始为两个峰的叠加，碱基缺失多发生在PCR测序中，并...
测序常见问题深度解析（二）Poly结构
PolyA/T结构通常致其后的峰图出现重叠峰，PolyG/C 结构通常致其后的峰图出现信号衰减。Poly结构是导致测序失败最常见的原因之一，目前还没有非常有效的方法彻底解决Poly结构的影响，但一般而...
测序常见问题深度解析（一）双克隆
测序过程中最常见的问题是双峰，导致整个结果不可用，有时候我们也纳闷，明明挑的是单克隆，为什么还会碰到双峰呢？其实导致双峰的原因是多种的，双克隆只是其中的一原因，而且不同的起因在峰图上表现出不同的特征，...
新算法对单细胞基因组进行测序
美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes，能够被用...
基于NGS的miRNA测序以及接头序列介绍
一般成熟的miRNA长度在22nt左右，在过去miRNA主要是从已知的基因组序列中来预测，但是遗憾的是并不是所有的生物都有全基因组序列。现在随着新一代高通量测序技术的发展，即使没有全基因组序列我们也能...
新基因组测序方法能够在单细胞水平上分析基因表达谱
生物学家和遗传学家长期以来想要在单个细胞水平上分析基因表达谱，但是技术限制一直使得它不能成为现实。 根据2012年7月22日在线发表在Nature Biotechnology期刊上的一项研究，研究人员...