考虑这样一个问题，“如果要保证基因组上95%的区域其覆盖深度在30x以上的话，那么最低的平均测序深度应该是多少？”。 关于测序量的估计，对于做生物信息的人来讲应算是家常便饭了，多数时候我们都能直接根据...
测序量估计
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Pyrosequencing测序原理视频
每个dNTP被聚合酶加到DNA链上时，都会放一个焦磷酸分子 焦磷酸可以被焦磷酸酶降解成一个ATP和一个AMP 荧火虫酶能够把ATP再水解，同时发出一个荧光光子 测序时，把4个dNTP轮番加入反应体系中...
RNA测序研究现状与发展
通常来说，某一个物种体内所有细胞里含有的DNA都应该是一模一样的，只是因为每一种细胞里所表达的RNA之间存在差异，才使这些细胞有所区别。诸如“为什么肿瘤细胞与正常细胞会不一样？”这样的重要问题都可以通...
NGS 实验中的错误来自哪里
尽管测序技术在不断发展，但不论是哪种测序平台，测序过程中都不可避免地存在一些错误。《Nature Review Genetics》近日发表了一篇很有意思的综述，谈论了NGS实验中错误的来源，以及如何利...
链特异性转录组原理
实验原理： 信息分析方法 trinity有该分析比对流程，下面博主就不用多说了吧，分析方法基本一致，只不过拆开了再玩的节奏~~~不过比对的时候有个问题链方向性的问题，解决方案如下： 原文来自：http...
测序，生物信息分析那点小事
测序，生物信息分析那点小事 1、如何通过生物信息学对海量数据进行有效挖掘？ 2、如何选择合适的测序技术及策略？ 3、看似“有问题”的芯片数据是否可用？ 4、癌症样本的表达量分析需要注意哪...
转录组测序和数字表达谱测序有什么区别
转录组测序和数字表达谱测序相比，主要有如下不同： 第一，测序目标不同。 转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA，而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列（21 bp）； 第二，代表性不同。 数字表...
宏基因组测序与分析方法以及问题集锦
随着测序技术的不断发展，宏基因组研究也越来越多。下面整一份从网上收集来的宏基因组研究的资料，与大家分享。为了满足一下不懂宏基因组同学的好奇，顺带从百度百科上取来一份词条作为介绍。 定义 宏基因组 ( ...
新一代测序技术数据分析在线视频
前面已经给大家推荐了一个在线的高通量数据分析教程《推荐一个二代测序高通量数据分析在线教程》。刚刚一个偶然机会发现优酷上竟然有讲解新一代测序技术数据分析的在线视频教程，于是随便点开了几个，看了看。觉得不...
转录组数据饱和度评估方法
基因表达分析里面，RNA-seq是现在转录组研究常用的技术了，但是通过二代测序获得数据后，在正式分析前我们通常需要做两件事情：其一是reads的饱和度分析，另一个是RNA-seq测序的数据与mRNA真...