比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件...
转录组入门（5）： 序列比对
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关于转录组比对STAR软件使用
因为不连续的转录本结构，相对短的片段长度，和测序技术持续增加的通量，高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率，低比对速度，片段长...
BLASR：PacBio数据比对工具
Pacbio数据相信大家都不陌生了，reads很长，但是错误很多而且错误分布在整条reads上而不是局部。这里给大家推荐一个工具BLASR（Basic Local Alignment with Suc...
Bowtie2使用方法与参数详细介绍
懒人必看 Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --u...
Clustal难道不能批量运行？
相信Clustal程序是大家耳熟能详的序列比对软件了。其中ClustalX是windows下图形化界面的版本，ClustalW是基于命令行的版本，后者是做生物信息中一般用的比较多，今天的主角就是Clu...