Transcriptomics转录组入门(5): 序列比对 比对软件很多,首先大家去收集一下,因为我们是带大家入门,请统一用hisat2,并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可,然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件... 02月25日18,1641 RNA-seq 比对 阅读全文
Transcriptomics关于转录组比对STAR软件使用 因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序技术持续增加的通量,高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率,低比对速度,片段长... 01月28日13,392评论RNA-seq 转录组 阅读全文
GenomicsBLASR:PacBio数据比对工具 Pacbio数据相信大家都不陌生了,reads很长,但是错误很多而且错误分布在整条reads上而不是局部。这里给大家推荐一个工具BLASR(Basic Local Alignment with Suc... 09月22日9,898评论pacbio reads 阅读全文
BioinformaticsBowtie2使用方法与参数详细介绍 懒人必看 Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --u... 09月02日51,2671 参数 比对 阅读全文
BioinformaticsClustal难道不能批量运行? 相信Clustal程序是大家耳熟能详的序列比对软件了。其中ClustalX是windows下图形化界面的版本,ClustalW是基于命令行的版本,后者是做生物信息中一般用的比较多,今天的主角就是Clu... 08月27日5,0457clustalw 序列比对 阅读全文