TranscriptomicsDESeq2差异基因分析和批次效应移除 基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异,最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM),即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。 这种计算方... 11月03日 8,172 评论 阅读全文
Bioinformatics批次效应(batch effect) 一、定义 下面是大佬给出来的关于批次效应(batch effect)的定义: Batch effects are sub-groups of measurements that have qualit... 01月14日 2,301 评论 阅读全文
Transcriptomics矫正批次效应 批次效应(batch effect)简单说来就是因为实验做了几个批次导致的实验误差,比如芯片数据,每次都要用机器读取,那么光照时间和强度每次都可能不一样, 极有可能出现批次效应。 再比如,实验的三个重... 01月13日 6,760 2 阅读全文
Bioinformatics如何处理批次效应(batch effect) 在生信分析过程中,尤其是转录组分析中,经常会遇到测得数据不足,需要利用公共数据库中已有的数据,那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗?如果贸然混合,会有什么问题? 10年nature有一篇综述,专门讲... 01月03日 14,516 2 阅读全文
Bioinformatics单细胞转录组数据校正批次效应实战(上) 什么是批次效应? 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞,这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致,另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章:https://www.natu... 11月07日 828 评论 阅读全文