当你读取象GenBank或EMBL这样的序列注释文件时，文件提供的不仅仅是序列本身还有一些更细节的序列信息。如果这个信息拥有位置的话，就可以当作是特征。如果这个信息是很通用的信息比如说是物种名称的话，...

在Biojava中范围位置对象代表标志链中一段区域，由唯一的起始和终止来定义。 下面的例子展示了范围位置。 [code lang="java"] import org.biojava.bio.symb...

如果你解析一个详细的GenBank文件，你将会面对包含不同类型的多个特征的序列。也许你仅仅对其中一些类型的特征感兴趣，比如说"CDS"。 你应该使用特征过滤器(FeatureFilter)来过滤这些特...

使用DNATools.reverseComplement(SymbolList sl)方法能够很容易的获得序列或标志链的互补链。在RNATools中有相对应的方法用来获得RNA的互补链。 [code ...

在Biojava中，特征（Feature）有点象具有位置（Location）属性的注释（Annotation）。各种类型的特征必须都实现特征接口。所有的特征实现都包含一个叫做模版（Template）的...

有时候你可能希望改变序列或标志链的标志次序.例如你可能希望能删除或者插入或者重写DNA序列中的碱基. Biojava标志链有一个edit(Edit e)方法,能够以Edit对象为参数编辑标志链.Edi...

大多数Biojava序列对象是不可改变的。这样的安全特性能避免对数据完整性的破坏。这样，在序列对象中就没有setName()这样的方法。有一种办法是用原始序列作为参数创建原始序列对象的视图。 通过使用...

给定一条序列，我们也许只关心前10个碱基或者我们想得到序列中的一段。你也许想打印一条子序列至输出流，例如STDOUT。如何做到这些？ Biojava使用生物学坐标系统识别碱基。第一个碱基索引为1，最后...

很多时候我们将序列用一个由字符组成的字串表示，如 "atgccgtggcatcgaggcatatagc". 这是表示复杂生物序列的一种非常方便简洁的方法。Biojava使用SymbolLists和Se...

当你处理序列对象的时候可能希望能够删除一些特征。下面的例子由Keith James 提供，展示如何删除不需要的特征。 在这个例子中所有在正链上的特征都被删除。 [code lang="java"] i...