1. SMRT Analysis简介 SMRT Analysis软件是由Pacbio Science公司开发的软件，现在是SMRT Link软件的一部分，用于对Pacbio Long Reads数据进...
Genomics使用高版本SMRT Analysis软件对Pacbio reads进行基因组De novo组装
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Genomics
Genomics使用新版Falcon进行三代测序基因组组装
这里的新版指的是PacBio公司在2018年9月发布pb-assembly, 而这篇文章是在2018年9月30日发的。 今年早些时候在参加三代培训时，听说PacBio会在今年对Falcon进行一些改变...
Genomics宏基因组SOAPdenovo组装
SOAPdenovo特点 宏基因组denovo组装软件中SOAPdenovo（http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo）的使用较为广泛，其具有组装速度快，N50值较...
Genomics使用NextDenovo组装Nanopore数据
NextDenovo是武汉未来组胡江博士团队开发的一个三代组装工具，能够用于PacBio和Nanopore数据的组装。但是从官方的介绍而言，此工具在组装Nanopore上优势更大一些。 NextDen...
Genomics基因组组装软件SOAPdenovo安装使用
一．下载并安装这个软件 下载地址进下面，但是下载源码安装总是很困难，我直接下载bin文件可执行程序。 解压进入目录 首先make 然后make install即可 安装总是失败，我也不知道怎么回事，懒...
GenomicsDISCOVAR的使用
1. DISCOVAR简介 DISCOVAR 是有 ALLPATHS-LG 软件开发团队做出来的软件。主要用于利用 PE 250bp 数据与参考基因组的比对结果，对基因组进行 Variants cal...
Genomics使用 Edena 进行基因组组装
1. 简介 Edena 是一个基于 overlaps–graph-based 的 de novo assembler。仅能很好地使用 Illumina 数据进行基因组组装。软件能使用 direct-r...
Genomics使用 CISA 进行多个 genome Assemblies 的整合
1. CISA 简介 CISA (Contig Integrator for Sequence Assembly). 主要用于细菌基因组（小基因组）的整合。该软件使用简单，算法较好。 CISA 软件官...
Genomics使用 L_RNA_scaffolder 进行转录组序列对基因组序列的 rescaffolding
1. L_RNA_scaffolder简介 L_RNA_scaffolder能利用长的转录子序列来辅助基因组的scaffolding拼接。这些长的转录子序列可以是454/sanger/Ion_Torr...
Genomics使用 SPAdes 进行基因组组装
1. SPAdes 简介 SPAdes 主要用于进行单细胞测序的细菌基因组组装，当然也能用于非单细胞测序数据。输入数据可以是 Illumina、IonTorrent reads,或 PacBio、Sa...