利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法，在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是：做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...
TranscriptomicsRNA-Seq分析新工具
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Transcriptomics BioinformaticsMapNext：推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件
基因组或者转录组数据的mapping中常用的软件有bwa、soap、tophat等等，其中tophat可以用于mapping存在可变剪接的reads。这里给大家介绍一款中山大学开发的一款可以用于做可变...
BioinformaticsRNA-seq数据分析方法
最近读到一篇Nature Method上一篇关于RNA-seq数据分析的文章，觉得很不错，杜宇刚开始多转录组分析的同学很有帮助，里面还介绍了一些关于可变剪接的问题。 下面列上列上的基本信息： Comp...
Reviews可变剪接与蛋白质组多样性及其调节机制
武春晓 前言 可变剪接是指从一个mRNA前体中通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点组合）产生不同的mRNA剪接异构体的过程。可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制。剪接过程受多种顺式作...
Glossary内含子有什么用?
作者：牛登科 三十年前问这个问题？你得到的答复是内含子没什么用，属于垃圾DNA或者说分子水平的寄生虫。 但是后来，一个又一个基因的可变剪接现象被发现。尤其是人类基因组测序完成后，人类基因组中没有发现原...
TranscriptomicsRNASeq-MATS:Multivariate Analysis of Transcript Splicing
给大家推荐一款最新在Nucleic Acids Research上发表的基于转录组数据分析可变剪接的软件。下面是官方网扎你上的介绍。 MATS is a computational tool to d...
GenomicsDe Bruijn Graphs for Alternative Splicing and Repetitive Regions
Today we shall examine de Bruijn graphs for two structures that occur frequently in genomes or trans...