利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法，在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是：做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...
Transcriptomics
Transcriptomics
Bioinformatics
MapNext：推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件
基因组或者转录组数据的mapping中常用的软件有bwa、soap、tophat等等，其中tophat可以用于mapping存在可变剪接的reads。这里给大家介绍一款中山大学开发的一款可以用于做可变...
Bioinformatics
RNA-seq数据分析方法
最近读到一篇Nature Method上一篇关于RNA-seq数据分析的文章，觉得很不错，杜宇刚开始多转录组分析的同学很有帮助，里面还介绍了一些关于可变剪接的问题。 下面列上列上的基本信息： Comp...
Reviews
可变剪接与蛋白质组多样性及其调节机制
武春晓 前言 可变剪接是指从一个mRNA前体中通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点组合）产生不同的mRNA剪接异构体的过程。可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制。剪接过程受多种顺式作...
Glossary
内含子有什么用?
作者：牛登科 三十年前问这个问题？你得到的答复是内含子没什么用，属于垃圾DNA或者说分子水平的寄生虫。 但是后来，一个又一个基因的可变剪接现象被发现。尤其是人类基因组测序完成后，人类基因组中没有发现原...
Transcriptomics
RNASeq-MATS:Multivariate Analysis of Transcript Splicing
给大家推荐一款最新在Nucleic Acids Research上发表的基于转录组数据分析可变剪接的软件。下面是官方网扎你上的介绍。 MATS is a computational tool to d...
Genomics
De Bruijn Graphs for Alternative Splicing and Repetitive Regions
Today we shall examine de Bruijn graphs for two structures that occur frequently in genomes or trans...