利用k-mer组装的基因组的软件现在已经很多了，例如soapdenovo，velvet等等。PLoB上已经有不少关于velvet的软件的介绍，今天再次谈谈velvet这个软件，主要是推荐一些velve...
Genomics基因组组装软件velvet以及参数优化
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Genomics
BioinformaticsBLAST的参数与使用方法详细介绍
写这篇文章之前，我发现其实PLoB上已经有不少文章介绍blast的使用了，读者可以点击这里查看所有blast相关的文章。今天在网上看到一篇关于BLAST使用的介绍。我认为这是目前为止介绍BLAST参数...
BioinformaticsBowtie2使用方法与参数详细介绍
懒人必看 Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --u...
Scriptmatlab的legend用法
用Matlab画图时，有时候需要对各种图标进行标注，例如，用“+”代表A的运动情况，“*”代表B的运动情况。 legend函数的基本用法是 LEGEND(string1,string2,string3...
GenomicsRunning newbler: more de novo assembly parameters
There is a long list of options/flags/parameters for a newbler assembly, some of which have been tre...
BioinformaticsRunning newbler: de novo assembly
This post is about how to start up newbler for de novo assembly projects. I will describe setting up...