之前分析了好几个公共项目,拿到的peaks都很诡异,搞得我一直怀疑是不是自己分析错了。终于,功夫不负有心人,我分析了一个数据,它的peaks非常完美!!!可以证明,我的分析流程以及peaks绘图代码并...
4种方式下载roadmap计划的所有数据
roadmap的官网是:http://www.roadmapepigenomics.org/ 精选的129个细胞系,细胞系的介绍如下:http://www.broadinstitute.org/~an...
6种方式下载ENCODE计划的所有数据
DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)ENCODE计划的重要性我就不多说了,如果大家还不是很了解,可以直接跳到本文末尾去下载一下ENCODE教程...
用UCSC提供的Genome Browser工具来可视化customTrack
k7t9hTmRkucustomTrack,我这里翻译为自定义的测序片段示踪文件,可以追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域,或者追踪参考基因组的各个区域的覆盖度,测序深度!翻译自:ht...
wig、bigWig和bedgraph文件详解
我们一般会熟悉sam/bam格式文件,就是把测序reads比对到参考基因组后的文件!bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域,而UCSC规定的这几个文件...
