当你处理序列对象的时候可能希望能够删除一些特征。下面的例子由Keith James 提供，展示如何删除不需要的特征。 在这个例子中所有在正链上的特征都被删除。 [code lang="java"] i...
如何利用BioJava从序列中删除特征
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如何利用BioJava从搜索结果中提取信息
Blast解析和Fasta解析程序已经讨论了一旦结果文件被解析就会生成一个存储序列相似性搜索结果对象的链表。 每个查询（例如Blast query）都对应着一个这样的链表。每个序列相似性搜索结果对象都...
BioJava中如何使用非标准的密码子表
在一般的翻译例子中我们使用RNATools中的方法translate()就能够很容易的进行翻译。这对于使用一般的通用翻译表来说非常合适。但有的时候，你可能使用一些诸如叶绿体翻译表等偏僻的翻译表。幸运的...
利用BioJava获得DNA,RNA或蛋白质的成分
在BioJava中，成分表（alphabets)是标记（symbol)的集合。（例如，DNA就是一种成分表，其中a,c,g,t是标记，DNA是这四种标记的集合。相似地，RNA由a,c,g,u四种标记组...
利用BioJava翻译DNA序列或标志链
要将DNA翻译成蛋白必须执行下列步骤： 转录成RNA 获得标志链的密码子（三联子） 翻译成蛋白 大部分可以通过使用Biojava的Tools类的静态方法实现。下面的程序展示了这个过程。当然了，如果你的...
利用BioJava将单个密码子翻译成氨基酸
通常的翻译的例子展示了如何使用RNATools将RNA标志链翻译成蛋白质，但是具体细节隐藏在translate()方法中。如果你想将单个的密码子翻译成氨基酸，那么你就要明白具体的细节了。 实际上有很多...
利用BioJava建立一个多义标记(ambiguous symbol)
IBU定义了标准的多义标记。例如Y代表C或T, R代表G或C, N代表任何一种碱基。Biojava用基本标记(BasisSymbol)来表示这些标记。基本标记对象可以包含一个或多个组份标记，而这些组份...
使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树
BioEdit是一个功能很强大的生物学软件，整合了很多常用的生物信息工具。如：多序列比对，质粒图谱的绘制，查看DNA序列的酶切位点等等。 使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。 首先，打开序列...