刚接触高通量测序的同学，可能会接触到barcode index等名词。 为什么要有barcodes ？ 原因很简单，一个lane有效数据30来G 我们并常常不可能拿一个样品测那么大数据量，尤其是RNA...
二代测序中barcodes index的介绍
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Solexa与Hiseq测序技术中常见术语名词解释
第二代测序技术中Solexa以及它的升级版Hiseq，目前使用最多。为了帮助PLoB网友进一步了解Solexa相关的概念。与大家分享一篇网上看到的文章《Solexa测序技术中常见术语解释》，文章后面有...
纵观转录组研究
如今人们进行转录组分析大多是在第二代测序平台上进行RNA-seq，将样品中的RNA反转录为cDNA，构建测序文库，再进行测序分析。随着RNA-seq技术的逐渐普及，自然也出现了许多RNA-seq分析工...
如何研究基因调控(专家点评)
随着基因组学研究的深入，人们已经不再满足于了解基因的功能，而是对基因调控表现出愈加浓厚的兴趣。现在，我们知道，DNA甲基化和组蛋白修饰可调控基因，microRNA和非编码RNA也可以。基因调控的研究工...
MapView：海量短序列比对结果的可视化软件
前面刚给大家介绍了一款reads mapping的软件《MapNext：推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件》，大家有兴趣的可以试试。现在再给大家介绍一款短reads（譬如sol...
MapNext：推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件
基因组或者转录组数据的mapping中常用的软件有bwa、soap、tophat等等，其中tophat可以用于mapping存在可变剪接的reads。这里给大家介绍一款中山大学开发的一款可以用于做可变...
PCR引物设计及评价
一、引物设计原则 聚合梅链式反应（polymerase chain reaction）即PCR技术，是一种在体外快速扩增特定基因或DNA 序列的方法，故又称基因的体外扩增法。PCR技术已成为分子生物学...
多重序列比对及系统发生树的构建
在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。 对于一个完...
核酸序列分析教程
原理 针对核酸序列的分析就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置和功能位点的位置，以及标记已知的序列模式等过程。在此过程中，确认一段DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持。一般而言，在重复片段频繁出...
7.功能基因组相关信息分析(生物信息学教程系列)
生物信息学教程系列 第七章 7 功能基因组相关信息分析 功能基因组学是后基因组研究的核心内容，它强调发展和应用整体的（基因组水平或系统水平）实验方法分析基因组序列信息阐明基因功能，特点是采用高通量的实...