使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性

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所属分类:Evolution

熊荣川, 中国科学院成都生物研究所

在进行种群遗传学研究时,都会用到核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)。

下面简单介绍怎样用软件 DnaSP v5(Librado et al.,2009)得到相关的信息 首先我们需要一个比对好的 fasta 文件,例如 taiwan30aln.fas

打开 DnaSP v5

打开文件“taiwan30aln.fas”出现一个数据信息框,或者说软件赋予你的数据的一些默认信息

比如它会默认你的数据是来自常染色体的核基因、是二倍体型,因此我们常常需要对之进行 修改以符合我们数据的实际情况,关掉这个信息框之后使用“data”-> “format”选项卡进行修改。

修改好之后,进行 DNA 多态性分析“Analysis”->  “DNA Polymorphism”

结果中包含了我们需要的核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd),当然了还有很多其他相关的信息。

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目前评论:4   其中:访客  2   博主  0   引用   2

    • avatar liu 0

      你好 我做的是多倍体植物 这个软件给能用? 谢谢!

        • avatar 达达 0

          @liu 我也想知道,我的序列是杂合的可以用简并碱基合并吗

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        • 利用DnaSP计算Ka/Ks | Public Library of Bioinformatics
        • DnaSP:基因多态性分析软件 – 找生物