不同版本的散点图矩阵

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散点图矩阵是散点图的高维扩展,它从一定程度上克服了在平面上展示高维数据的困难,在展示多维数据的两两关系时有着不可替代的作用。R 软件就包含了各种不同版本的散点图函数,本文主要介绍散点图矩阵的设计及其在R中的实现方法,并比较它们的长短,从而审时度势,选取自己喜欢的表现方式和相应的函数。
他山之石,可以攻玉。除了辅之以不同的颜色、符号外,散点图中还可以添加其他图形元素,以增强表达力,最常见的添加剂有坐标轴须、直方图、箱线图、平滑曲线、拟合曲线等。
常见的画散点图矩阵的函数有:

  • pairs(graphics)

R中,graphics包中的pairs()是画散点图矩阵的长老级函数,它不仅可以绘制最朴素的散点图矩阵,同时也可以通过进一步设置绘图参数进行配置(参见?pairs),达到更高的要求(添加其他图形元素等)。不过进一步设置较为麻烦,幸好后面要介绍的函数已经可以满足我们常见的额外要求。

以鸢尾花数据为例,用以下代码绘制其散点图(图1),不同颜色分别代表不同品种的鸢尾花。


pairs(iris[1:4], main = "Anderson's Iris Data -- 3 species",
pch = 21,
bg = c("red", "green3", "blue")[unclass(iris$Species)])

pairs

图1 pairs
实际上,图1已经可以给我们很多信息,包括各类鸢尾花的花瓣、花萼长宽的大体分布以及它们两两之间的关系。

  • scatterplot.matrix(car)

car包中的scatterplot.matrix()函数(可以简写为spm())可以直接指定散点图中主对角线上的绘图元素(密度图、箱线图、直方图、QQ图等),还可以在散点图中添加拟合曲线、平滑曲线、相关读椭圆等。

同样利用鸢尾花数据,下面代码画出其散点图矩阵(图2).


library(car)
spm(~Sepal.Length + Sepal.Width + Petal.Length + Petal.Width |
Species, data = iris)</pre>

spm

图2 spm

  • gpairs(YaleToolkit)

YaleToolKit包中的gpairs()函数同样可以绘制散点图矩阵,较之spm()函数,它更为复杂一些。下面代码得到图3,更多的例子参见帮助文档。


library(YaleToolkit)
gpairs(iris, upper.pars = list(scatter = 'stats'),
scatter.pars = list(pch = 1:3,
col = as.numeric(iris$Species)),
stat.pars = list(verbose = FALSE))</pre>

gpairs

图3 gpairs

  • splom(lattice)

lattice包是基于网格系统的,是S-PLUS里的Trellis图形在R中的实现。Trellis是多元数据可视化的方法,特别适用于发现各变量之间的相互作用关系。Lattice(Trellis)的主要想法是不同条件下的多个图:根据某变量的值的不同对两个变量作不同图。

lattice包中的splom()函数可以按类别绘制散点图矩阵,也可以通过进一步的设置达到更高的要求。下面的代码再次得到鸢尾花数据的散点图矩阵(图4)。


library(lattice)
super.sym <- trellis.par.get("superpose.symbol")
splom(~iris[1:4], groups = Species, data = iris,
panel = panel.superpose,
key = list(title = "Three Varieties of Iris",
columns = 3,
points = list(pch = super.sym$pch[1:3],
col = super.sym$col[1:3]),
text = list(c("Setosa", "Versicolor", "Virginica"))))

splom

图4 splom

讨论

散点图直观明了,是一类重要的可视化方法。以上文字仅仅简要介绍了四个绘制散点图矩阵的函数,很是粗糙,具体的细节还需要进一步阅读帮助文档。

本文的首要目的是提醒大家可以让散点图矩阵如虎添翼,主要是与其他图形(触须图、直方图、箱线图、平滑线、拟合线等)的适当搭配;第二目的是希望大家通过上面的介绍,可以选择自己需要的绘图函数,从而省去一些不必要的探索时间。

本文来自:http://cos.name/2009/03/scatterplot-matrix-visualization/

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    • avatar 艺坛 0

      install.packages(“gpairs”)注意要安装这个包