文章汇总
2020 年
- 11月
- 03月
- 29日 Linux命令解释工具
- 01日 各种染色体元件鉴定方法比较
2018 年
- 08月
- 03月
- 02月
2017 年
- 12月
- 11月
- 10月
- 09月
- 16日 深入了解tensorlow运行原理
- 13日 bismark 识别甲基化位点-比对篇
- 13日 bismark 识别甲基化位点
- 13日 bismark 识别甲基化位点-可视化篇
- 13日 methylKit 进行差异甲基化分析
- 13日 bsseq 进行差异甲基化分析
- 13日 GATK4基本概念整理
- 09日 如何挑选宏基因组样本
- 03日 Motif数据库Jaspar
- 07月
- 26日 差异表达分析之FDR
- 06月
- 05月
- 04月
- 24日 tensorflow学习:参数初始化(initializer)
- 12日 单细胞测序扫盲
- 11日 关于global average pooling理解和介绍
- 11日 卷积神经网络中的softmax,softmax loss和cross entropy的讲解
- 10日 谈谈深度学习中的 Batch_Size
- 10日 卷积神经网络术语:梯度下降、Epoch、Batch Size和迭代
- 10日 神经网络术语:Epoch、Batch Size和迭代
- 08日 图解机器学习:人人都能懂的算法原理
- 07日 基因注释工具-Metascape使用教程
- 06日 卷积神经网络(CNN)学习笔记:模型训练
- 06日 卷积神经网络入门
- 04日 评估测序文库复杂度 Library Complexity
- 03日 Tensorflow一些常用基本概念与函数(2)
- 03月
- 28日 卷积神经网络CNN斯坦福教程
- 28日 卷积神经网络(CNN)的参数优化方法
- 20日 十图详解tensorflow数据读取机制(附代码)
- 18日 深度学习中的术语介绍
- 10日 如何按照热图中的顺序输出表达量文件
- 04日 如何选择神经网络的超参数
- 02月
- 28日 Browse基因浏览器介绍
- 27日 从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第5节 理解并操作BAM文件
- 27日 从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程
- 27日 从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第3节 数据质控
- 27日 从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第2节 FASTA和FASTQ
- 27日 从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第1节 测序技术
- 27日 利用de Bruijn graph组装基因组的时候,Kmer为什么必须是奇数?
- 27日 使用Shapeit2对人类基因组数据进行phasing
- 27日 GATK中如何计算Inbreeding coefficient(近交系数)
- 26日 转录组入门(8):富集分析
- 25日 转录组入门(7):差异表达分析
- 25日 转录组入门(6): reads计数
- 25日 转录组入门(5): 序列比对
- 25日 转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释
- 25日 转录组入门(3):质量控制
- 25日 转录组入门(2):读文章拿到测序数据
- 25日 RNA-seq数据综合分析教程
- 25日 搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列
- 25日 本体论和功能分析
- 25日 如何进行变异检测
- 25日 一个简单进行SNP分析的实战例子
- 25日 利用samtools mpileup和bcftools进行SNP calling
- 25日 安装和使用SRA toolkit
- 20日 tfrecords 格式数据训练mnist
- 17日 基于RNA-Seq的转录组数据分析入门介绍
- 16日 DREME原理和安装使用方法
- 13日 差异表达基因时的Log2FC和FDR值的含义?
- 12日 理解ROC和AUC
- 10日 深度学习数据集最常见的6大问题(附解决方案)
- 09日 用ggrepel包画图标记不重叠标签
- 07日 JBrowse使用说明:如何安装JBrowse
- 05日 TensorFlow的分布式学习框架简介
- 04日 机器学习中的参数(parameters)和超参数(hyperparameters)
- 01月
- 31日 Seaborn(sns)官方文档学习笔记(第六章 绘制数据网格)
- 31日 Seaborn(sns)官方文档学习笔记(第五章 分类数据的绘制)
- 31日 Seaborn(sns)官方文档学习笔记(第四章 线性关系的可视化)
- 31日 Seaborn(sns)官方文档学习笔记(第三章 分布数据集的可视化)
- 31日 Seaborn(sns)官方文档学习笔记(第二章 斑驳陆离的调色板)
- 31日 Seaborn(sns)官方文档学习笔记(第一章 艺术化的图表控制)
- 31日 Seaborn 和 Matplotlib 数据可视化
- 27日 GATK4.0和全基因组数据分析实践(上)
- 27日 ClueGO:无需写代码的高颜值富集分析神器
- 27日 RIdeogram:画染色体图
- 26日 基因组变异的表示形式
- 25日 为什么说FPKM/RPKM是错的
- 25日 转录组入门(1):软件准备
- 25日 表达富集分析软件ABAEnrichment
- 25日 如何使用deeptools处理BAM数据
- 25日 序列比对工具的对比
- 25日 安装和使用Entrez Direct
- 25日 最新最详细的MUMmer中文使用说明
- 25日 如何从BAM文件中提取fastq
- 25日 简化基因组数据分析实战
- 23日 使用GSEA对基因表达数据做富集分析
- 23日 Window安装基因集富集分析软件GSEA
- 23日 基因通路富集分析方法大总结
- 22日 Conda工具使用
- 21日 生存分析(survival analysis)
- 15日 主成分分析(PCA)基本原理及分析实例
- 14日 批次效应(batch effect)
- 14日 R语言学习 – 入门环境Rstudio安装
- 13日 WGCNA分析使用教程
- 13日 Deeptools: Chip-seq数据质量控制
- 13日 MotifStack: motif 可视化
- 13日 矫正批次效应
- 13日 单细胞RNA测序方案比较
- 13日 ROC曲线
- 12日 数据降维与可视化之t-SNE
- 12日 t-SNE使用过程中的一些坑
- 07日 快速入门GATK
- 07日 JBrowse使用说明:参考基因组准备
- 07日 JBrowse使用说明:如何配置track分面搜索选择器
- 07日 单细胞测序教程
- 07日 使用新版Falcon进行三代测序基因组组装
- 07日 提取heatmap聚类后行列名称
- 07日 Pacbio Sequel两种bam文件解析
- 07日 Speedseq的安装和使用
- 06日 卷积神经网络(CNN)学习笔记:基础入门
- 05日 Average Nucleotide Identity (ANI) 计算
- 05日 宏基因组SOAPdenovo组装
- 05日 宏基因组binning-CONCOCT
- 05日 根据Barcode序列拆分fastq文件
- 05日 PCA主成分分析原理及分析实践详细介绍
- 04日 Conda常用命令
- 03日 Tensorflow一些常用基本概念与函数(1)
- 03日 如何处理批次效应(batch effect)
- 02日 HiChIP实验原理、技术背景和分析介绍
- 02日 确定最佳聚类数目的10种方法
- 01日 R中坐标轴截断的不同实现方式
- 01日 基于R语言绘制坐标轴截断图
2016 年
- 12月
- 29日 CONDA使用入门
- 20日 K-means算法通俗原理及Python与R语言的分别实现
- 19日 K-Means聚类算法详解
- 19日 使用SAMR对蛋白组数据表达量进行差异分析
- 18日 ROC和AUC介绍以及如何计算AUC
- 18日 系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(三)
- 18日 系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(一)
- 17日 R语言实现决策曲线分析
- 16日 使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv
- 16日 WGS,WES,RNA-Seq与ChIP-seq之间的异同
- 10日 CNN 感受野计算公式
- 08日 CNN中pooling层的作用
- 06日 单细胞RNA-seq数据分析最佳实践
- 05日 群体遗传学–Fst指数
- 11月
- 16日 裕策生物科技招聘
- 10日 用ImageJ对条带进行定量分析
- 10日 R语言标记显著性标记
- 09日 “进化树+点状图”组合图的绘制
- 09日 如何绘制“松针”状的进化树
- 09日 蛋白亲疏水性分析工具
- 09日 如何同时在一页绘制多个图表
- 09日 RNA-seq的标准化方法
- 09日 上传测序数据到GEO
- 08日 如何上传GEO数据库
- 08日 CellRanger单细胞转录组分析教程(五) 理解cellranger count的结果
- 08日 CellRanger单细胞转录组分析教程(四) Cell Ranger流程概览
- 08日 CellRanger单细胞转录组分析教程(三) 使用初探
- 08日 CellRanger单细胞转录组分析教程(二) 使用前注意事项
- 08日 CellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载
- 08日 跟着官网学习单细胞Monocle3
- 08日 一维数组的 K-Means 聚类算法理解
- 08日 相似度计算之曼哈顿距离
- 07日 fasterq-dump使用介绍
- 07日 Fastq-dump使用
- 07日 单细胞测序中如何对低质量细胞进行质控检验
- 07日 single cell单细胞测序分析教程
- 07日 单细胞转录组数据校正批次效应实战(上)
- 07日 单细胞转录组数据校正批次效应实战(中)
- 07日 单细胞转录组数据校正批次效应实战(下)
- 07日 使用ComplexHeatmap包绘制热图
- 07日 ComplexHeatmap绘制全基因组突变景观图
- 10月
- 09月
- 08月
- 07月
- 30日 bowtie结果sam文件解读
- 06月
- 05月
- 04月
- 03月
- 26日 使用和解释P值的“六原则”
- 20日 距离计算方法总结
- 20日 Kmeans聚类K值如何选,以及数据重抽样方法Bootstrapping
- 11日 关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)
- 11日 Hi-C技术到底能做什么?
- 11日 Hi-C文库数据质控及解读
- 10日 扩增子分析QIIME2 简介和安装
- 10日 Co-occurrence网络图在R中的实现
- 10日 RegulomeDB和HaploReg数据库的数据整合
- 10日 LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 10日 用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树
- 10日 R语言聚类分析–cluster, factoextra
- 09日 关于学术论文Figures,你不能不知道的秘密
- 09日 R语言添加p-value和显著性标记
- 09日 GSEA富集分析 – 界面操作
- 09日 全面了解ROC曲线
- 09日 决策曲线分析法(Decision Curve Analysis,DCA)曲线
- 09日 六大聚类算法快速了解
- 08日 如何做生存分析?
- 08日 Illumina测序数据的质量控制
- 08日 没有root管理员权限安装常用群体遗传学分析软件
- 08日 测序结果中的接头序列来自哪里?
- 08日 高通量测序数据质控神器—Trimmomatic
- 06日 Single Cell RNA-seq原理理解
- 06日 GSEA分析支持的数据格式
- 06日 R语言学习 – 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)
- 06日 R语言学习 – 线图绘制
- 06日 R语言学习 – 基础概念和矩阵操作
- 06日 t-SNE聚类算法实践指南
- 05日 R语言学习 – 热图绘制 (heatmap)
- 05日 R语言学习 – 入门环境Rstudio
- 05日 CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性
- 05日 CIRCOS圈图绘制 – 染色体信息展示和调整
- 05日 CIRCOS圈图绘制 – 最简单绘图和解释
- 05日 HDF5 使用介绍
- 02日 ChIP-seq的Input(对照)
- 01日 IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据
- 02月
- 27日 使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图
- 26日 基因表达分析(下)
- 26日 基因表达分析(上)
- 26日 基因表达分析(中)
- 22日 测序中加入Phix的作用
- 20日 杂志图表的经典用色
- 20日 bedtools 使用小结
- 20日 被忽视的Samtools参数
- 20日 学习WGCNA总结
- 19日 circos绘图ideogram.conf文件的配置
- 19日 看懂Circos图
- 19日 主成分分析(PCA)原理详解
- 13日 转录组的组装Stingtie和Cufflinks
- 13日 Alignment-based的转录本定量-RSEM
- 12日 GOplot 可视化基因富集分析结果
- 12日 GO富集可视化-GOplot
- 12日 RNA-Seq基因表达水平衡量方法
- 12日 MTD(mammalian transcriptomic database):哺乳动物动态转录本数据库
- 11日 RNA-Seq中样品间的标准化
- 07日 Pileup格式介绍
- 05日 不同生物信息数据格式0,1起始
- 02日 机器学习算法性能评估常用指标总结
- 02日 个体重测序揭示籼稻品种RGD-7S和Taifeng B的DNA多态性
- 02日 转录组测序鉴定重金属植物宝山堇菜的CRPs
- 02日 16S测序技术助力澳大利亚湿硬叶林土壤微生物多样性研究
- 01月
- 28日 关于转录组比对STAR软件使用
- 28日 R绘图基础(10)热图 heatmap
- 28日 R绘图基础(9)坐标中断(axis breaks)
- 28日 R绘图基础(8)点柱图(dot histogram)
- 28日 R绘图基础(6)各类图型
- 28日 R绘图基础(5)坐标轴,图例,标记与标题
- 28日 R绘图基础(4)符号与线形
- 28日 R绘图基础(3)字体
- 28日 R绘图基础(2)颜色
- 28日 R绘图基础(1)布局
- 28日 R绘图基础(7)综合应用
- 27日 多重检验中的FDR错误控制方法与p-value的校正
- 27日 假设检验p-value,FDR,q-value
- 27日 怎样在heatmap中使用多种cluster方法
- 27日 DNA甲基化测序方法介绍
- 27日 GSEA使用介绍
- 27日 GSEA简介
- 27日 Cytoscape作图介绍
- 27日 如何用Cytoscape提升文章档次
- 20日 批量求fasta格式序列长度
- 19日 ggplot2入门与进阶
- 18日 2016年成都生物大数据的分析挖掘及基因组高通量测序上机实操班
- 18日 如何使用 ggplot2
- 16日 置换检验(Permutation Test)
- 16日 ANNOVAR 注释软件
- 16日 annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程
- 14日 用annovar对snp进行注释
- 14日 转录组 de novo流程–包括转录本完整注释
- 14日 融合基因检测软件-soapfusion
- 14日 RNA-seq软件更新
- 14日 用 GMAP/GSNAP软件进行RNA-seq的alignment
- 14日 用DESeq进行差异分析的源代码
- 14日 RNA-seq流程对基因和转录本的表达量的计算
- 14日 使用Bedtools对RNA-seq进行基因计数
- 14日 R语言DESeq找差异基因
- 14日 RNA-seq比对软件HISAT说明书
- 14日 RNA-seq的比对软件star说明书
- 14日 转录组cufflinks套装的使用
- 13日 RPKM, FPKM, TPM区别
- 13日 rMATS差异可变剪切分析
- 12日 t-SNE完整笔记 (附Python代码)
- 10日 bedtools 使用小结
- 10日 QTL 定位的原理
- 10日 用SPSS做差异显著性分析后如何标记“abc”
- 10日 AWK改变输入输出分隔符实例分析
- 08日 KM法生存分析(SPSS教程)
- 08日 GEO数据做生存分析
- 08日 fastsSructure的安装及使用介绍
- 07日 利用R语言四种散点密度热图
- 05日 PNAS:花生A基因组测序成果揭示其地下繁殖、产油代谢等独特性状的遗传机制
- 05日 转录组组装工具StringTie
- 05日 转录组差异表达分析工具Ballgown
2015 年
- 12月
- 24日 Win10下用Anaconda安装TensorFlow
- 24日 Anaconda的安装和详细介绍(带图文)
- 24日 如何使用conda安装R和R包
- 18日 系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(二)
- 17日 用R语言的forestplot包画亚组分析森林图
- 17日 决策曲线(Decision Curve Analysis)绘制
- 17日 综合判别改善指数IDI的计算方法
- 17日 净重新分类指数(NRI)的计算方法
- 17日 Logistic回归中C-Statistics计算方法
- 17日 Cox回归中C-index的两种常用计算方法
- 05日 群体分化指数-Fst
- 05日 群体固定系数Fst
- 05日 群体遗传分化
- 11月
- 29日 pytorch实战经验:4个提高深度学习模型性能的技巧
- 24日 关于人类参考基因组的一些认识
- 17日 HGVS规则下的变异命名-DNA水平不同变异类型
- 17日 HGVS规则下的变异命名-蛋白水平变异命名
- 17日 HGVS规则下的变异命名-参考序列选择
- 17日 人类基因组变异标准命名(HGVS)
- 17日 最新HGVS基因突变命名规则速览
- 17日 SnpEff自建注释库及HGVS命名
- 17日 GSEA-基因富集分析
- 12日 使用PAML软件利用密码子序列进行正选择分析
- 11日 深度学习:如何找到最优学习率
- 11日 ROC曲线和PR曲线(Precision-Recall)的联系
- 11日 StringTie:转录组分析软件介绍
- 07日 几个scRNA找高变异基因(HVGs)的方法
- 07日 scRNA的3大R包对比
- 10月
- 09月
- 22日 非参数检验思路总结
- 14日 RNA-Seq基因组比对工具HISAT2
- 08月
- 26日 如何在观测数据下进行因果效应评估
- 14日 Snp-calling流程(BWA+SAMTOOLS+BCFTOOLS)
- 14日 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式
- 14日 NCBI的taxid简单介绍
- 14日 基因组组装软件SOAPdenovo安装使用
- 14日 RSeQC对RNA-seq数据质控
- 14日 GO和KEGG富集的R包clusterProfiler
- 14日 GO通路富集-WEGO网站使用
- 14日 转录组-TransDecoder-对trinity结果进行注释
- 14日 转录组edgeR分析差异基因
- 09日 免疫组库igblastn软件的使用
- 09日 R绘制ROC曲线
- 08日 根据比对的bam文件来对peaks区域可视化
- 08日 4种方式下载roadmap计划的所有数据
- 08日 6种方式下载ENCODE计划的所有数据
- 08日 用UCSC提供的Genome Browser工具来可视化customTrack
- 08日 wig、bigWig和bedgraph文件详解
- 07月
- 06月
- 05月
- 18日 一维数组的聚类
- 17日 Fine-Gray检验与竞争风险模型
- 17日 生存分析中连续型自变量截断值的确定方法
- 17日 使用FGAP进行补洞
- 17日 使用 GCE 进行基因组大小评估
- 17日 通过WIG格式将转录组数据展示到Gbrowse2中
- 17日 blast进行重复序列屏蔽
- 16日 深入卷积神经网络背后的数学原理
- 16日 FPKM/RPKM之外的那些标准化方法
- 16日 使用SignalP对蛋白序列进行信号肽预测
- 13日 VCF格式详解
- 12日 超几何分布和fisher精确检验
- 09日 多指标ROC曲线怎么画?
- 04月
- 29日 生物信息常见文件的格式以及查看方式
- 29日 ggplot2 – 二维数据密度图
- 15日 ChIP-seq基础入门
- 14日 查找某个基因上面的snp位点
- 07日 WGCNA加权基因共表达网络分析
- 03月
- 29日 统计学知识大梳理
- 29日 参考基因组和基因注释文件
- 29日 一分钟读懂单细胞测序
- 25日 混杂因子的合理选择
- 20日 RNA-Seq分析新工具
- 17日 基于R绘制竞争风险模型列线图
- 15日 用GEOquery从GEO数据库下载数据
- 14日 HGNC数据库简介
- 10日 使用REST API批量下载ENCODE数据
- 10日 利用Evolview美化进化树教程和使用方法
- 10日 BRIG-原核生物比较基因组圈图展示神器
- 09日 KMeans中自动K值的确认方法
- 09日 聚类算法——k均值和层次聚类
- 09日 聚类分析:k-means和层次聚类
- 09日 使用K-means进行颜色量化
- 08日 使用 HiSeq 3000/4000/X Ten 测序注意事项
- 01日 加入GeneDock,一起玩生物信息云
- 02月
- 28日 odds、OR和RR的计算公式和实际意义
- 28日 OR(Odd Ratio) – 比值比
- 28日 怎么区分OR和RR?
- 27日 从课题设计到文章发表——临床医生的基因组学科研管家
- 27日 碱基平衡性与barcode选择
- 25日 用awk进行简单的编程
- 20日 WGCNA知识点详解
- 18日 Probability(概率) vs Likelihood(似然)
- 18日 概率与似然
- 14日 下载最新版GO
- 12日 VCF格式文件解读
- 12日 AUC的计算方法及相关总结
- 11日 单细胞测序数据处理知识
- 11日 NCBI SRA数据库使用详解
- 07日 第八届国际生物审编大会
- 01月
- 27日 二十大数据可视化工具点评
- 21日 对应不同版本基因名称
- 14日 Ensembl数据库在线网页工具biomart简单教程
- 14日 下载最新版的KEGG信息
- 14日 下载所有的酶的信息
- 14日 Trinity进行转录组组装的使用说明
- 12日 卡方检验概述
- 09日 GCC-4.6.1安装详细教程
2014 年
- 12月
- 24日 使用anaconda安装pytorch
- 24日 通过 Anaconda 安装 R
- 23日 conda安装R语言及其packages
- 22日 差异甲基化分析eDMR软件分析说明
- 22日 Trinity学习笔记
- 22日 Tophat+cufflinks 学习笔记
- 17日 一张图搞懂临床预测模型构建方法选择
- 17日 基于R的生存资料预测模型构建与Nomogram绘制
- 17日 基于R语言的Logistic回归模型构建与Nomogram绘制
- 17日 再谈多元回归分析中的变量筛选方法
- 17日 多因素回归分析模型中的变量筛选方法
- 15日 用GEMINI来探索vcf格式的突变数据
- 07日 伽马分布,指数分布,泊松分布的关系
- 05日 让基因筛选变得更简单:群体进化选择消除分析
- 03日 Postdoctoral Fellow, Master or PhD positions in Biostatistics, Statistic Genetics, Bioinformatics, Systems Biology and Genomics at Shanghai Jiao Tong University
- 11月
- 10月
- 09月
- 08月
- 28日 WES(3)snp-filter
- 28日 WES(2)snp-calling
- 28日 WES(1)测序质量控制
- 27日 总结卡方检验(Chi-square test)和费舍尔精确检验(Fisher exact test)的区别
- 26日 江苏无锡易欧生物诚聘英才!
- 21日 黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院招聘一名生物信息学教师
- 14日 使用 PhyML 构建进化树
- 14日 color space的测序数据
- 14日 DNA甲基化分析流程和软件集锦
- 14日 Circos在windows环境下运行的详细教程
- 14日 NCBI的基因entrez ID相关文件介绍
- 14日 转录组cummeRbund操作笔记
- 14日 在centOS 5上安装HTSeq
- 14日 转录组HTseq对基因表达量进行计数
- 14日 转录组比对软件tophat的使用
- 13日 根据已知的参考基因组和GTF创建适合自己分析的基因组和GTF
- 09日 liftOver
- 06日 DISCOVAR的使用
- 01日 关闭SSH终端程序继续运行
- 07月
- 06月
- 30日 Mothur Linux上使用
- 27日 大数据与生命科学
- 26日 上传基因组数据到NCBI
- 15日 用limma包的voom方法来做RNA-seq 差异分析
- 15日 基因组标准注释文件-Gencode数据库
- 06日 如何批量下载指定的序列?
- 05月
- 27日 ggplot2画图教程
- 26日 PacBio:你了解多少?
- 22日 生物信息学技术应用讲习班——内蒙古呼和浩特站
- 22日 实用工具与软件使用
- 22日 宏基因组分析专题研讨班
- 22日 生物信息绘图研习班
- 22日 “实用生物信息学”研讨班通知——北京市计算中心
- 22日 Python语言培训(零基础初级班)
- 22日 人类医学数据关联分析精品班
- 19日 贝纳基因第二期免费生物信息培训开始报名啦
- 19日 深圳招聘生物信息分析工程师
- 18日 分类性能度量指标 : ROC曲线、AUC值、正确率、召回率
- 16日 如何用SignalP预测信号肽
- 14日 用phyML对多重比对phy文件来构建进化树
- 13日 linux基础知识培训
- 12日 VCF格式详解
- 12日 第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会
- 11日 利用ggplot2画出各种漂亮图片详细教程
- 11日 全面了解何时应该使用非参数检验?
- 10日 昆明植物研究所章成君研究组(植物基因组学)招聘启事
- 08日 Chip-seq处理流程
- 02日 一千行MySQL学习笔记
- 04月
- 29日 FASTQ格式解释和质量评估
- 29日 数据可视化完美指南-R-python
- 28日 计算OR值(odds ratio、比值比、优势比)
- 21日 如何检测超低频突变?
- 19日 GATK使用方法详解
- 18日 Real Time PCR 检测方法原理
- 18日 基因投错票,导致肿瘤
- 17日 预后研究与预测模型
- 16日 甲基化测序方法及比较
- 15日 CpGAT:基因组自动注释pipeline
- 15日 用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析
- 15日 DISCOVAR的使用
- 15日 Cufllinks的安装与使用
- 15日 将数据转换为正态分布
- 14日 Illumina Hiseq 2500型和2000型测序仪的比较
- 14日 dominant negative effective在基因突变中的潜在作用
- 14日 GATK使用方法详解(变异检测)
- 14日 GATK使用方法详解(初步分析)
- 14日 GATK使用方法详解(相关参数和参考文件说明)
- 14日 GATK使用方法详解(实例:对INDEL结果进行校正)
- 14日 GATK使用方法详解(实例:对SNP结果进行校正)
- 14日 GATK使用方法详解(原始数据的处理)
- 12日 使用DEXSeq分析NGS数据中的exon表达差异
- 08日 Linux入门及转录组分析实战培训(免费)
- 02日 单细胞测序技术概览
- 01日 基因大数据
- 01日 高效计算科学研究的十条简单规则
- 03月
- 30日 tRNAscan-SE 的使用
- 28日 中科院北京基因组研究所研究生招生调剂信息
- 26日 使用 ICORN 进行基因组核苷酸的修正
- 26日 使用 Edena 进行基因组组装
- 26日 使用 CISA 进行多个 genome Assemblies 的整合
- 26日 使用 L_RNA_scaffolder 进行转录组序列对基因组序列的 rescaffolding
- 26日 使用 musket 进行 reads correction
- 26日 使用 SSPACE 进行 scaffoding
- 26日 使用 SPAdes 进行基因组组装
- 26日 使用 PASHA 进行基因组组装
- 26日 使用Platanus进行基因组组装
- 26日 使用ABySS进行基因组组装
- 26日 使用MaSuRCA进行基因组组装
- 26日 使用R按照指定宽度计算覆盖率
- 22日 Taqman原理和视频
- 21日 【基迪奥】测序,生物信息分析疑问解答(一)
- 20日 PyroSequencing—DNA甲基化分析的金标准
- 15日 HMMER学习笔记
- 11日 SignalP 5.0 信号肽预测
- 10日 Mothur命令中文解释(Mothur中文简易教程)
- 09日 基迪奥生物第一届生物信息分析培训课
- 09日 5种常见的聚类方法
- 08日 Bioconductor并行(parallel)运算
- 08日 基因组变异检测概述
- 07日 使用 MAFFT 进行多序列比对
- 07日 测序量估计
- 06日 三代基因组测序技术原理简介
- 06日 表观遗传学信息如何传递
- 03日 短序列比对工具简介
- 02日 新上线“我的收藏夹”功能
- 01日 R笔记:描述性统计分析
- 01日 析因设计资料的方差分析
- 01日 Box-Cox变换:非正态数据的处理
- 02月
- 28日 医学统计学中RR、OR和HR三个关于比值的概念
- 28日 RR值的含义与解释
- 25日 关于illumina产生的测序源文件bcl转换成fastq格式的问题
- 22日 盘点癌症中的microRNA
- 21日 GATK使用
- 18日 陈连福的NGS生物信息学培训教材V2.1
- 18日 Sanger测序原理
- 18日 Pyrosequencing测序原理视频
- 16日 用R语言绘制韦恩图
- 16日 linux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式宏基因组数据
- 15日 Figtree可视化进化树文件
- 14日 从RNA-seq结果到差异表达
- 14日 拷贝数变异检测芯片介绍
- 14日 基因组数据库-一个物种的官网
- 13日 VCF格式
- 12日 VCF格式解析
- 12日 ROC与AUC的定义与使用详解
- 12日 基迪奥生物–招贤纳士
- 11日 GWAS和Genomic prediction概念、原理及应用
- 08日 统计BAM文件中的reads数
- 07日 使用 Gblocks 提取保守序列
- 05日 htseq-count使用方法和参数简要说明
- 03日 进化树上Bootstrap和Identity区别
- 03日 使用 rfam 进行 ncRNA 注释
- 01月
- 29日 单细胞RNA综述的评述:细胞和基因质控参数的选择
- 27日 ggplot2作图详解7:主题(theme)设置
- 27日 ggplot2作图详解6:标尺(scale)设置
- 26日 ggplot2作图详解5:图层语法和图形组合
- 26日 ggplot2作图详解4:分面(faceting)
- 26日 ggplot2作图详解3:映射(mapping)
- 26日 ggplot2作图详解2:ggplot图形对象
- 26日 PASA的安装与使用
- 26日 R/BioC序列处理之五:Rle和Ranges
- 26日 利用phylip构建进化树详解
- 26日 R/BioC序列处理之四:BSgenome简介
- 26日 AMOS的安装和使用
- 26日 samtools常用命令详解
- 26日 Trinity的安装与使用
- 26日 COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对
- 26日 使用TopHat分析RNA-Seq结果
- 26日 GO/KEGG富集分析enrichment analysis
- 26日 MACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq)使用说明
- 25日 R/BioC序列处理之三:Biostrings模式匹配和序列比对
- 25日 R/BioC序列处理之二:Biostrings序列的基本操作
- 25日 R/BioC序列处理之一:Biostrings常量与序列容器
- 25日 R语言基础教程7:数据描述性统计
- 25日 R语言基础教程5:图形页面排版
- 25日 R语言基础教程4:柱形图
- 25日 R语言基础教程3:曲线图、误差线和图例
- 25日 用R语言绘制y轴不连续的柱形图
- 25日 R语言基础教程6:程序设计基础
- 25日 R语言基础教程2:散点图
- 25日 R语言基础教程1:数据类型
- 24日 ggplot2作图详解1:入门函数qplot
- 24日 R语言:数据汇总/透视/提炼
- 17日 怎样向NCBI提交基因序列
- 17日 利用UCSC找序列的上下游基因
- 17日 linux安装和使用NCBI剪接边界工具splign
- 16日 SAM文件格式介绍
- 15日 富集性分析
- 14日 通过bioconductor包来获取所有的芯片探针与gene的对应关系
- 14日 芯片探针注释基因ID或者symbol,并对每个基因挑选最大表达量探针
- 12日 常用的数据分析方法汇总
- 08日 SAM/BAM文件处理
- 06日 南京医科大学 基础医学院 生物信息学实验室 招聘教师2名
- 05日 RNA测序研究现状与发展
- 05日 超几何分布
- 04日 如何计算cuffdiff中的FPKM值
2013 年
- 12月
- 11月
- 22日 派森诺微生物宏基因组信息分析培训班通知
- 19日 基迪奥生物招聘
- 19日 测序,生物信息分析那点小事
- 19日 基迪奥–真情回馈活动
- 08日 华弈生物Linux基础精品班
- 05日 西安交大生命学院长期诚聘师资博士后(讲师)人员
- 10月
- 09月
- 08月
- 07月
- 16日 用FastQC检查二代测序原始数据的质量
- 16日 2013国际基因组学大会
- 06月
- 20日 2013年生物信息相关SCI杂志的影响因子
- 15日 cufflinks的使用
- 13日 武汉大众源生生物信息学培训班
- 04日 表观基因组学实验的三个步骤
- 03日 SAM格式-Bowtie2(简要介绍)
- 03日 SAM格式-Bismark(简要说明)
- 01日 黄锦岭研究组招聘启事(昆明植物研究所)
- 01日 重复测量数据的方差分析
- 05月
- 04月
- 29日 因变量二分类资料的logistic回归
- 29日 生存分析
- 26日 R语言的各种检验
- 26日 MEME(Motif-based sequence analysis tools)使用说明
- 26日 DNA motif 搜索算法总结
- 21日 Bio-Linux:为生物信息学定制的Linux操作系统
- 20日 MACS2 安装
- 17日 Win8 x64 + Office Word 2013 x64 无法自动加载 Endnote X6 的解决方案
- 15日 Muscle进行多序列比对
- 09日 RepeatMasker安装方法与使用
- 08日 PAML中文手册
- 08日 PAML使用 – codeml的配置文件
- 03日 中国科学院生物物理研究所毕利军研究组公开招聘博士后
- 03日 中国科学院生物物理研究所 微生物学领域实验助理一名
- 03日 推荐一个R & Bioconductor的使用手册网站
- 02日 如何在Linux 中安装和卸载软件
- 01日 从质谱实验到数据分析—蛋白质组学2013年暑期综合培训班
- 03月
- 31日 Qt5.0.2 + MinGw4.7 编译出来的程序,在windows平台下的发布与打包程序
- 29日 正态分布与方差齐性的检验方法与SPSS操作
- 29日 R语言中坐标轴刻度值的灵活处理
- 29日 偏相关系数
- 29日 在R中如何求给定分布和统计量的p-value
- 28日 DNAstar软件的使用(二)Editseq 软件的功能
- 27日 招聘生物信息或计算机博士-大连医科大学李志广课题组
- 10日 Mothur处理454测序流程和命令
- 09日 转换(transitions)和颠换(transversions)
- 09日 OR与RR值的区别和联系
- 09日 SAS聚类分析介绍
- 08日 SPSS学习笔记之——重复测量的多因素方差分析
- 08日 SPSS学习笔记之——协方差分析
- 08日 SPSS学习笔记之——多因素方差分析
- 08日 SPSS学习笔记之——生存分析的Cox回归模型(比例风险模型)
- 08日 SPSS学习笔记之——Kaplan-Meier生存分析
- 07日 使用Biopython翻译核酸为蛋白序列
- 07日 Cre-LoxP重组酶系统在转基因(基因打靶)动物实验中的原理及应用
- 06日 MUMmer使用介绍
- 02日 miRTarbase简介
- 01日 如何向NCBI提交序列(在线提交法)
- 01日 组学数据分析IPA入门讲座
- 01日 大连医科大学肿瘤干细胞研究院招聘计算机编程人员
- 01日 【SPSS】简单相关分析
- 01日 我的研究需要多大的样本量?
- 01日 线性回归中的方差齐性探察
- 01日 线性回归中的正态分布
- 01日 多元正态分布检验的R实现方法
- 01日 多元正态分布的检验
- 01日 多重线性回归、logistic回归与Cox回归的比较
- 01日 线性趋势检验
- 01日 重复测量数据分析系列:线性混合模型(多水平模型)
- 01日 重复测量数据分析系列:方差分析【基于JMP】
- 01日 协方差分析:方差分析与线性回归的统一
- 01日 再谈有序多分类的logistic回归:JMP操作及OR的再理解
- 01日 回到开始的地方:假设检验的基本思想
- 01日 如何理解和学习非参数检验?
- 01日 如何理解非参数检验?
- 01日 非参数检验的SPSS操作
- 01日 分类资料的差异比较常用统计方法选择及SPSS实现
- 01日 群殴之方差分析
- 01日 两样本PK之t检验
- 01日 因变量无序多分类资料的logistic回归
- 02月
- 28日 OR值的含义与解释
- 27日 分子进化树构建及数据分析
- 26日 转录组测序和数字表达谱测序有什么区别
- 23日 基因组DNA文库构建实验技巧
- 21日 分子生物学的建立和发展
- 20日 2013“基因组科学与信息”培训研习班
- 01月
- 29日 R语言-Survival analysis(生存分析)
- 27日 用正则表达式匹配浮点数
- 23日 诚聘生物信息学应用科学家
- 23日 用python的matplotlib包绘制热度图
- 23日 上海丰核信息科技有限公司-招聘
- 15日 DAVID使用说明文档(2)
- 15日 DAVID使用说明文档(1)
- 14日 求所有最大公共子序列的算法实现
- 12日 癌症生物信息学
- 11日 Primer Premier 5.0引物设计
- 09日 Operator是基因吗?
- 05日 利用GCAT做主成分分析(PCA)
2012 年
- 12月
- 11月
- 27日 推荐一款二代测序数据质量控制软件FastQC
- 22日 基因组测序、组装与分析总结
- 21日 基因组组装软件velvet以及参数优化
- 21日 高通量测序领域常用名词解释
- 21日 R画韦恩图
- 20日 BLAST程序的参数介绍与说明
- 20日 BLAST的参数与使用方法详细介绍
- 19日 新一代测序技术数据分析在线视频
- 13日 转录组数据饱和度评估方法
- 12日 推荐一个二代测序高通量数据分析在线教程
- 10日 利用tophat和Cufflinks做转录组差异表达分析的步骤详解
- 09日 全基因表达分析标准方法存在重大缺陷
- 07日 单分子测序PacBio RS测序系统介绍
- 06日 利用BioPerl将DNA序列翻译成蛋白序列
- 05日 “基因组科学与信息”培训研习班
- 04日 微软也在做生物信息了
- 03日 海峡两岸生命科学论坛(基因组与计算生物学)
- 02日 默默无闻的非编码RNA
- 02日 第三代测序技术比较与总结
- 01日 纵观转录组研究
- 10月
- 30日 使用Misa结合Primer3来批量设计SSR引物
- 30日 三种台式高通量测序仪的比较分析
- 30日 primer3引物设计详解
- 25日 如何研究基因调控(专家点评)
- 24日 sRNAMAP:细菌small noncoding RNA数据库
- 23日 TopHat的安装与使用
- 21日 MapView:海量短序列比对结果的可视化软件
- 21日 MapNext:推荐一款可以用于做可变剪接mapping和SNP分析的软件
- 17日 拉马克的逆袭:用进废退学说的在表观遗传学中兴起
- 15日 两列样本的差异基因筛选
- 13日 BLAST+:NCBI新的一套BLAST工具
- 12日 三款热门个人型测序仪比较
- 11日 FastTree:快速对成千上万条序列构建进化树
- 10日 新一代测序技术应用于microRNA检测
- 09日 随机抽样一致性算法(RANSAC)
- 08日 超快速序列聚类算法汇总
- 07日 基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略
- 06日 蛋白质的结构与功能预测
- 06日 多序列比对
- 05日 排列与组合算法代码与原理
- 05日 基因预测软件ORF Finder使用说明
- 04日 利用MISA鉴定简单重复序列(SSR)
- 03日 PCR引物设计及评价
- 03日 快速计算fasta序列长度的方法
- 02日 多重序列比对及系统发生树的构建
- 02日 核酸序列分析教程
- 01日 基因表达水平估计策略和方法
- 01日 7.功能基因组相关信息分析(生物信息学教程系列)
- 01日 6.基因组序列信息分析(生物信息学教程系列)
- 01日 5.分子进化(生物信息学教程系列)
- 01日 4.核酸与蛋白质结构和功能的预测分析(生物信息学教程系列)
- 09月
- 30日 3.序列比对和数据库搜索(生物信息学教程系列)
- 30日 2.生物信息数据库与查询(生物信息学教程系列)
- 30日 1.概述(生物信息学教程系列)
- 29日 利用DnaSP计算Ka/Ks
- 29日 ChIP-Seq综述
- 28日 外显子组测序
- 28日 Gene Ontology(GO)简介与使用介绍
- 27日 ENCODE:DNA元件百科全书(附相关论文简介与下载)
- 27日 Paired-End Tags (PET)用于转录组分析
- 26日 BEDTools使用详细说明
- 26日 使用DnaSP计算核苷酸多样性和单倍型多样性
- 25日 qplot绘图函数快速入门
- 24日 新成果颠覆蛋白质经典学说
- 24日 超越5种碱基的DNA测序
- 24日 R语言中的色彩
- 24日 广义线性模型(GLM)
- 23日 利用R语言进行方差分析
- 22日 BLASR:PacBio数据比对工具
- 22日 用nls函数进行非线性回归
- 22日 用图形和颜色来表现相关关系
- 22日 不同版本的散点图矩阵
- 22日 利用ggplot2显示二维统计量
- 22日 利用ggplot将多个图形组合在一起
- 21日 R语言编程入门
- 20日 ggplot2绘图入门
- 20日 随机模拟的基本思想和常用抽样方法
- 19日 R语言多元分析
- 18日 ParaAT:编码蛋白质DNA序列并行比对工具
- 07日 迄今最详细人类基因组分析数据出炉
- 06日 迄今最详细基因功能图谱内容
- 06日 Nature等30篇文章公布重大成果:基因功能图谱
- 06日 何为假设性检验?
- 05日 P-value:一个注脚
- 05日 说说大家经常见到的p值
- 04日 SNP分型技术-高分辨率熔解分析(HRM)
- 03日 多重假设检验中的p值校正
- 02日 Bowtie2使用方法与参数详细介绍
- 01日 关于生物实验中的统计学
- 01日 Clustal的使用总结(Clustalx+Clustalw)
- 01日 多元线性回归分析
- 08月
- 31日 MATLAB 画图命令总汇
- 31日 MATLAB简单绘图
- 31日 matlab的legend用法
- 31日 用R画直方图
- 31日 用R画箱线图(boxplot)
- 30日 miRNA测序结果分析
- 30日 用R绘画3D饼图
- 30日 利用R在一幅图中绘制多个子图
- 30日 SOAPdenovo的一个组装过程
- 29日 基因组可视化工具GBrowse及其应用
- 29日 定制R启动环境
- 29日 Linux安装R语言包
- 28日 Phylip分子进化软件分析
- 28日 测序常见问题深度分析(四)引物降解(不纯)
- 28日 测序常见问题深度解析(三)碱基缺失
- 28日 测序常见问题深度解析(二)Poly结构
- 28日 测序常见问题深度解析(一)双克隆
- 28日 DNAstar软件的使用(三)Seqman 拼接序列
- 28日 DNAstar软件的使用(一)Megalign序列比对
- 28日 箱线图(boxplot)介绍
- 28日 phred/phrap/consed的安装
- 27日 Clustal难道不能批量运行?
- 25日 RNA-seq拼接结果数据提交NCBI
- 13日 新算法对单细胞基因组进行测序
- 12日 我们都是谁的子孙?
- 09日 GBrowse访问数据制备
- 09日 GBrowse安装记录
- 09日 GBrowse的介绍与安装
- 02日 一款不错的生物信息学分析平台
- 01日 生物学软件大全
- 01日 利用Bioperl进行序列输入和输出(Bioperl HOWTO翻译13)
- 01日 Bioperl入门其他部分(Bioperl HOWTO翻译12)
- 01日 Bioperl快速检索序列(Bioperl HOWTO翻译11)
- 07月
- 31日 使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据
- 31日 利用Biperl获取序列基本统计信息(Bioperl HOWTO翻译9)
- 31日 利用Biperl进行本地blast(Bioperl HOWTO翻译10)
- 30日 利用Bioperl将编码序列翻译成蛋白质(Bioperl HOWTO翻译8)
- 30日 详解Bioperl的序列对象(Bioperl HOWTO翻译7)
- 29日 Bioperl从网络数据库中提取多个序列(Bioperl HOWTO翻译6)
- 28日 Gbrowse权限管理
- 28日 Bioperl从网络数据库中提取一个序列(Bioperl HOWTO翻译5)
- 27日 利用bioperl读取复杂序列
- 27日 Bioperl:从本地文件中获取fasta序列
- 27日 bioperl初步使用
- 27日 bioperl的安装
- 27日 Bioperl从文件中提取序列(Bioperl HOWTO翻译4)
- 27日 Bioperl输出序列文件(Bioperl HOWTO翻译3)
- 27日 Bioperl创建序列对象(Bioperl HOWTO翻译2)
- 27日 Bioperl 入门(Bioperl HOWTO翻译1)
- 26日 推荐一款强大的进化树编辑软件
- 26日 三种小型测序仪的比较
- 25日 基于NGS的miRNA测序以及接头序列介绍
- 25日 Small RNA 测序分析与研究
- 24日 新基因组测序方法能够在单细胞水平上分析基因表达谱
- 24日 将DNA转化为艺术
- 24日 利用Ion半导体测序开展基因表达谱分析
- 23日 RNA-seq数据分析方法
- 23日 可变剪接与蛋白质组多样性及其调节机制
- 23日 SAM格式
- 23日 果蝇性染色体的进化过程追踪
- 22日 某某能力为什么没有演化出来
- 22日 音乐流变,循达尔文机制
- 22日 生物计算机里面养着啥生物?
- 22日 内含子有什么用?
- 21日 操纵子有什么用?
- 20日 宏基因组学中微生物种群结构分析
- 20日 差异表达基因的分析(2)
- 20日 表达谱芯片的聚类分析
- 18日 最新研究质疑RNA测序数据的统计分析
- 18日 生物信息画图颜色搭配以及颜色卡
- 18日 与细菌共生
- 16日 基因组装配新前沿:长片段完成完整的基因组
- 15日 比较介绍26种数据挖掘软件
- 13日 生物学重复与技术重复
- 13日 各种PCR介绍
- 11日 PacBio Sequences的HDF5格式
- 11日 Testing SOAPdenovo2 Prerelease – V (map and scaff)
- 10日 Consed的安装与使用教程
- 07日 千年基因率先推出454+(GS FLX+)转录组测序
- 06日 Testing SOAPdenovo2 Prerelease – IV
- 06日 Testing SOAPdenovo2 Prelease Version – III
- 05日 Testing SOAPdenovo2 Pre-release Version II:pregraph_sparse
- 05日 Testing SOAPdenovo2 Pre-release Version
- 05日 《物种起源》第七章:对于自然选择学说的种种异议
- 05日 《物种起源》第十二章:地理分布
- 05日 《物种起源》第十一章:论生物在地质上的演替
- 05日 《物种起源》第十章:论地质记录的不完全
- 05日 《物种起源》第九章:杂种性质
- 05日 《物种起源》第八章:本能
- 05日 《物种起源》第十五章:复述和结论
- 05日 《物种起源》第十四章:生物的相互亲缘关系
- 05日 《物种起源》第十三章:地理分布(续)
- 05日 《物种起源》第三章:生存斗争
- 05日 《物种起源》第二章:自然状况下的变异
- 05日 《物种起源》第一章:家养状况下的变异
- 05日 《物种起源》第五章:变异的法则
- 05日 《物种起源》第四章:自然选择;即最适者生存
- 05日 《物种起源》第六章:学说的难点
- 04日 载体屏蔽Crossmatch
- 04日 Phd2Fasta
- 04日 DNA测序峰图转化成Phred格式
- 04日 Linux、Unix常用命令(文件和目录相关)
- 03日 SignalP:信号肽预测工具
- 01日 转录组测序概述及实验分析流程
- 06月
- 30日 第十三届全国植物基因组学大会-山东泰安
- 29日 psRobot :小分子RNA整合分析软件
- 27日 Howto make N50 better?
- 27日 差异基因分析方法
- 25日 什么是selective sweep?
- 24日 Pacific Bio用于基因组组装
- 24日 Pacific Bio Sequences
- 24日 非编码RNA预测软件
- 23日 RNASeq-MATS:Multivariate Analysis of Transcript Splicing
- 23日 An Intuitive Explanation for Running Velvet with Varying K-mer Sizes
- 22日 一种基于454数据拼接植物细胞器基因组的策略
- 21日 OGDRAW:一个画叶绿体、线粒体、质粒的工具
- 19日 直系同源与旁系同源
- 17日 String Graph of a Genome
- 17日 String Graph Assembler
- 13日 外显子组和目标区域深度测序常见问题及解答
- 12日 非编码RNA与基因组调控网络
- 12日 OrthoMCL使用详解
- 11日 MetaVelvet: a short read assember for metagenomics
- 11日 推荐一篇关于如何构建和分析进化树的文章
- 11日 高通量测序技术相关的名词解释
- 10日 基因组拼接中常见的名词解释
- 10日 在de Bruijn Graphs中利用mate pair的信息
- 10日 bioinformatics新手指导
- 10日 Velvet的exp_cov参数介绍
- 10日 用matlab画boxplot中的一些应用说明
- 08日 PrimerX:设计定点突变引物的在线工具
- 08日 dCAS:Desktop cDNA Annotation System
- 08日 常用Motif预测软件
- 08日 Tablet:Next Generation Sequence Assembly Visualization
- 08日 GFF格式说明
- 08日 MEGA构建系统进化树的步骤
- 08日 De Bruijn Graphs for Alternative Splicing and Repetitive Regions
- 07日 推荐一篇关于真核基因组注释方法与流程的文章
- 07日 K-mer应用实例分析
- 07日 Maximizing Utility of Available RAMs in K-mer World
- 06日 perl对中文的处理(encode,decode)
- 06日 How do sequencing errors affect de Bruijn graphs?
- 06日 De Bruijn graphs(3)
- 06日 De Bruijn graphs(2)
- 06日 Algorithms for Next-gen Sequence Analysis
- 06日 De Bruijn graphs(1)
- 06日 Format of Velvet Output File ‘Roadmaps’
- 06日 Efficient Methods for Counting K-mers
- 05日 illumina SNP 芯片的CNV和LOH的分析
- 05日 高度重复序列简介
- 05日 生物芯片与第二代测序技术丁香园答疑帖精选(上)
- 05日 生物芯片与第二代测序技术丁香园答疑帖精选(下)
- 05日 利用转录组测序如何研究选择性剪接规律?
- 04日 mpiBlast的安装和使用
- 04日 将序列比对的结果保存为漂亮的图片
- 04日 主成份分析(PCA)在生物芯片样本筛选中的应用及在R语言中的实现
- 04日 多重检验中的FDR错误控制方法与p-value的校正
- 04日 PyMOL–一款强大的开源分子可视化系统
- 04日 扩充遗传字母表也许并不难
- 04日 石蜡包满(FFPE)
- 03日 外显子组测序很给力,但并不完美 Exome sequencing is not perfect
- 01日 KS-检验(Kolmogorov-Smirnov test)
- 05月
- 23日 SRA文件格式转换
- 19日 进化理论及其发展
- 19日 趋同进化,趋异进化,协同进化
- 19日 如何在分子水平检测正选择
- 17日 基因数据库下载
- 12日 三代测序数据pacbio数据处理
- 11日 几个多序列比对软件:Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较
- 09日 基因组注释介绍
- 06日 快速合并多个fastq.gz文件
- 01日 DNA测序技术原理及其进展
- 04月
- 29日 R语言中的机器学习
- 25日 基因表达调控
- 23日 NCBI的数据库介绍
- 21日 BLAST常见错误原因解析
- 20日 Ubuntu 安装与更新 GCC
- 20日 R语言基础入门之七:方差分析
- 20日 R语言基础入门之五:简单线性回归
- 09日 Perl文件读写操作介绍
- 04日 标准差与标准误的区别
- 04日 R语言基础入门之六:Logistic回归
- 04日 R语言基础入门之四:常用的统计推断
- 04日 R语言基础入门之三:常用统计函数运算
- 04日 R语言基础入门之二:数据导入和描述统计
- 03日 R语言基础入门之一:引言
- 02日 R中正则表达式简介
- 02日 R中字符串处理和grep的用法
- 02日 R的内存管理和垃圾清理
- 01日 ABI测序仪
- 01日 ROCH-454 测序仪介绍
- 01日 Illumina 测序仪介绍
- 01日 关于RefSeq:NCBI参考序列
- 01日 NCBI参考序列(RefSeq)常见问题回答
- 03月
- 31日 Running newbler: more de novo assembly parameters
- 31日 Running newbler: de novo assembly
- 31日 Newbler output VI: the ‘status’ files
- 31日 Newbler output V: the 454ContigScaffolds.txt and 454ScaffoldContigs.fna
- 31日 Newbler output IV: on ultra-short and single-read contigs
- 30日 Newbler output II: contigs and scaffolds sequence files, and the 454Scaffolds.txt file
- 30日 Newbler output I: the 454NewblerMetrics.txt file
- 30日 Running newbler: de novo transcriptome assembly I
- 30日 newbler输出结果文件454ContigGraph.txt内容介绍
- 30日 How newbler works
- 29日 线性回归的假设和pearson相关系数的假设
- 28日 使用R计算相关系数
- 28日 估计进化速率
- 24日 原核生物转录组研究方法
- 24日 以RNA为测序模板的新技术:FRT-seq
- 24日 Strand Specific mRNA sequencing 之重要性与分析
- 24日 Q-PCR(Real-time PCR)
- 24日 不同长度mate-pair在组装上之差异
- 24日 测序深度越深就能組出完整的genome么?
- 24日 GC rich的区域不易测序的原因
- 24日 芯片数据分析介绍
- 16日 各种高通量测序仪比较
- 16日 BLAST+的使用
- 15日 用R读取Excel
- 09日 MCMC中的Metropolis Hastings抽样法
- 09日 Kaplan-Meier生存分析中三种检验方法的比较
- 09日 SPSS学习笔记之——ROC曲线
- 09日 SPSS学习笔记之——配对logistic回归分析
- 09日 SPSS学习笔记之——相关分析(Pearson、Spearman、卡方检验)
- 09日 SPSS学习笔记之——多个独立样本的非参数检验(Cruskal-Wallis秩和检验)
- 09日 SPSS学习笔记之——两独立样本的非参数检验(Mann-Whitney U 秩和检验)
- 09日 SPSS学习笔记之——两配对样本的非参数检验(Wilcoxon符号秩检验)
- 09日 SPSS学习笔记之——OR值与RR值
- 09日 SPSS学习笔记之——二项Logistic回归分析
- 04日 从宏基因组数据中分离出单个物种基因组序列
- 04日 Linux crontab 命令格式与详细例子
- 03日 perl文件的读写
- 03日 perl内置变量
- 01日 N50多少,证明组装的好
- 01日 因变量有序多分类资料的logistic回归:SPSS操作与回归系数的解释
- 01日 重复测量数据分析系列:广义估计方程
- 01日 R语言 KS(Kolmogorov-Smirnov)检验
- 01日 参数检验与非参数检验
- 02月
- 28日 去除冗余序列的超快超好用工具cd-hit
- 24日 DDBJ/EMBL/GenBank Accession的命名规则
- 24日 NCBI RefSeq命名格式的详细说明
- 23日 将比对好的fasta序列转换成relaxed phylip格式
- 23日 NCBI/DDBJ/EMBL序列的标识符:GI number和Accession.Version
- 23日 GenBank数据库格式的说明
- 21日 Perl常见特殊变量
- 16日 在R语言绘图中标注带参数的公式
- 16日 推荐一个利用R语言画图的网站
- 16日 测序数据分析工具大全
- 04日 samtools基本命令实例
- 04日 samtools使用方法
- 04日 推荐一个SAM文件中flag含义解释工具
- 03日 直系同源预测方法
- 03日 KEGG Pathway数据结构
- 03日 二代测序数据预处理与分析
- 02日 DNA甲基化
- 02日 SMART技术给力新一代测序
- 02日 SMART技术介绍
- 02日 常用的SNP检测方法
- 02日 CpG岛甲基化图谱分析的三种优化流程
- 01日 各种实现隐马尔可夫模型(HMM)的平台汇总
- 01月
- 28日 分子进化中clustalX与Mega的使用
- 27日 用R一页绘制多图以及绘制组合图(一幅图上添加新图)
- 23日 Gene Expression Omnibus (GEO)介绍
- 16日 生物信息学工具使用的经验之谈
- 13日 Quake的安装方法
- 11日 Small RNA测序相关问题集锦
- 10日 FastQ数据质量值转换
- 10日 转录组测序问题集锦
- 09日 DNA甲基化测序问题集锦
- 09日 目标序列捕获测序常见问题集锦
- 09日 ChIP-Seq分析常见问题集锦
- 09日 基因组组装常见问题集锦
- 09日 各种测序文库构建方式
- 09日 比较基因组分析的基本思路
- 09日 基因组注释分析主要包括哪些内容 ?
- 09日 如何利用重测序进行SNP分析?
- 09日 ChIP-Seq测序深度如何选择?
- 09日 荧光定量PCR
- 09日 ChIP技术
- 09日 染色体步移技术
- 08日 DNA第7种和第8种碱基
- 08日 芯片实验室技术实现单细胞基因分析
- 08日 基因芯片原理
- 08日 大肠杆菌小RNA与RNA分子伴侣协同作用的新模式
- 08日 ChIP-Seq概述及技术路线
- 08日 GeneBank提交数据类型简介
- 08日 利用cDNA进行基因电子克隆简介
- 08日 UCSC:基因组相关研究的一个有力工具
- 08日 基因芯片技术介绍
- 08日 利用Weka做K-means聚类
- 08日 K-MEANS 算法
- 04日 后天性状可经由 small RNAs 遗传
- 04日 表观遗传学:达尔文进化论的重要补充
- 04日 非root权限安装perl模块
- 03日 新物种形成—秘中之秘
- 03日 揭开帝王斑蝶迁徙的神秘面纱
- 03日 地球上到底有多少生物?
- 01日 科学追求的事实和谬论(Facts and Fallacies in Science)
- 01日 基因组拼接中N50和N90到底指什么
2011 年
- 12月
- 30日 基因组的编辑改写了生物密码
- 30日 Nature年度技术:基因组编辑
- 29日 基因组测序永无止境的根本原因
- 28日 MEME:基于motif的序列分析工具
- 27日 比较基因组学分析成为《PNAS》2011年热门文章
- 27日 HHblits:让序列比对更快更准更灵敏
- 27日 Perl中的代码注释
- 24日 乌骨鸡帮助我们了解家养动物的快速进化
- 23日 序列的相似性
- 23日 遗传信息载体—DNA
- 23日 生物大分子结构的测定
- 23日 新生肽链的折叠
- 23日 基因表达调控
- 23日 基因组结构
- 23日 分子生物中心法则
- 21日 基因与两性
- 21日 基因决定我爱你
- 21日 新的DNA“语法”规则诞生
- 21日 我们的祖先在哪里?
- 21日 卖萌的植物基因
- 20日 BreakDancer的安装与使用
- 20日 Blast2GO使用方法详解(命令界面)
- 19日 Promoter预测的相关软件及各个软件比较
- 18日 几个有趣的R代码
- 18日 深度(depth)与覆盖度(coverage)
- 18日 perl的LWP模块简单介绍
- 18日 用perl提取HTML 网页内容
- 18日 利用R画Venn(文氏图、韦恩)图
- 18日 DNA各种序列格式介绍
- 18日 What is scaffold?
- 18日 Circos入门教程
- 18日 Circos:系统生物学里一个画图工具
- 18日 BioInfoServ:一款基于web的生物信息平台系统
- 18日 python 与 字符串的全排列
- 18日 DNA分子进化及其理论基础
- 18日 microRNA相关的数据库与预测、功能分析软件
- 18日 利用SeqMan做少量数据序列拼接的方法介绍
- 16日 phylip安装与使用方法介绍
- 16日 Velvet使用方法及参数介绍
- 16日 某些“精神病基因”或是人类进化优势
- 15日 常见非编RNA介绍
- 15日 用RAxML构建极大似然进化树
- 14日 NCBI的COG介绍
- 14日 分子进化树构建及数据分析方法介绍
- 14日 遗传密码的新排列和起源探讨
- 14日 小Y退化记——性染色体演化的故事
- 14日 达尔文和他改变的世界
- 13日 “重女轻男”细菌扳倒进化平衡
- 13日 大米的逆袭:植物操纵了我们的身体吗?
- 13日 Sashimi-plot:isoform表达画图工具
- 13日 miRNEST:动植物中miRNA数据库
- 13日 生命起源:寻找第一个自我复制者
- 13日 不确定性原理:进化如何两头下注
- 13日 非自然的选择:人类是如何驱动进化的
- 13日 Bowtie使用介绍
- 12日 第二代测序数据处理工具软件汇总
- 12日 无root权限用户安装ABySS方法
- 12日 Velvet and Oases For Transcriptome Assembly(基于转录组进行拼接)
- 11日 物理图谱
- 11日 长链非编码RNA(lncRNA)简介
- 11日 Inparanoid:寻找物种间直系同源基因的软件
- 11日 PGAP:泛基因组自动化分析的pipeline
- 10日 RNA-PET— 在基因组范围对5’和3’ 双末端标签的RNA-Seq进行全长转录本分析
- 10日 GenomicTools:一个高通量分析基因组的扩展计算平台
- 10日 GenePattern:一个强大的基因组学分析平台
- 10日 RNA-SeQC:RNA-Seq数据质量控制的计量方法
- 10日 影响3730测序质量的因素
- 10日 CAP3的使用方法
- 09日 什么是bootstrap
- 06日 Perl文件操作七大技巧揭秘
- 06日 基因芯片数据分析中的标准化算法和聚类算法
- 06日 生物细胞非编码 RNA 的调控
- 05日 WGCNA: an R package for weighted correlation network analysis
- 03日 mGene: Accurate Computational Gene Finding
- 02日 批量鉴定蛋白的结构域的平台介绍
- 02日 hmmer的安装与使用
- 02日 基于HMM的基因功能鉴定
- 02日 GFF格式说明
- 02日 NCBI在线BLAST可利用的数据库简要说明
- 02日 NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
- 02日 Blastall常用参数简析
- 02日 Formatdb 命令行参数详解
- 02日 GO分析的相关工具
- 02日 在线分子生物学数据库索引
- 02日 人类染色体G带图(Ideogram)的画法
- 02日 蛋白注释相关的工具
- 02日 Phrap 与Phred使用方法快速入门
- 02日 序列以及序列比对中常见术语
- 02日 CGView Server:环形基因组可视化比较工具
- 01日 CAMBer与CAMBerVis:比较分析多个细菌及其结构注释的可视化
- 11月
- 30日 假基因研究进展
- 30日 FASTX-Toolkit
- 29日 新一代高通量测序技术SOLiD简介
- 29日 Vienna RNA:RNA二级结构预测与比对软件
- 28日 小分子 microRNA 及其生物学特征
- 28日 转录组测序(RNA-seq)技术
- 27日 FastQ格式介绍
- 27日 ncFANs:non-coding RNA Function ANnotation Server
- 26日 RNAseq中Reads的可视化及注释
- 26日 RNAseq测序reads定位
- 26日 454 GS FLX测序原理
- 26日 wapRNA:RNA与microRNA分析工具
- 25日 iAssembler: 拼接Roche-454/Sanger转录组数据的拼接软件
- 25日 CAT (Composition Analysis Toolkit) 组分分析工具
- 25日 Ka/Ks与进化选择压力
- 25日 putty远程连接linux服务器中文乱码解决
- 25日 TranslatorX server:基于氨基酸序列的核酸比对工具
- 23日 Fasta格式说明
- 22日 UB-IUPAC碱基代码表
- 12日 linux下恢复rm -f删除的文件
- 10月
- 30日 SSPACE:一款专门做scaffolding的软件
- 28日 Gbrowse SNV突变频率图绘制
- 28日 基因组拼接常用软件算法介绍
- 27日 泛基因组
- 24日 悲伤的mRNA
- 24日 RPKM简介
- 22日 fastaq2fasta
- 22日 使用Perl绘制统计图
- 22日 一个生物信息在线Manual网站
- 21日 基因组拼接中专业术语名词解释
- 17日 velvet安装方法
- 17日 velvet使用介绍
- 05日 Glimmer3安装与使用
- 03日 R语言常用函数
- 02日 Phrap使用方法
- 09月
- 30日 interproscan安装及详细设置
- 30日 interproscan的用法
- 24日 SOAPdenovo拼接参数详解
- 22日 C++string类常用函数
- 21日 得分矩阵PAM与BLOSUM的比较与区别
- 21日 合并454和Solexa拼接结果的contig
- 21日 SolexaQA:Illumina/Solexa测序Reads质量评估及分析软件
- 19日 利用BioJava根据物种属性过滤序列
- 19日 利用BioJava列出序列中的注释
- 19日 利用BioJava定制一个范围位置(RangeLocation)
- 19日 如何利用BioJava根据类型来筛选特征
- 17日 BioJava中如何处理环状位置
- 17日 利用BioJava得到一条序列或标志链的互补链
- 17日 利用BioJava从一个Fasta文件中读取序列
- 16日 如何利用BioJava构建一个FASTA解析器解析FASTA搜索结果
- 16日 如何利用BioJava设置一个BLAST解析器解析BLAST结果
- 16日 利用BioJava定制一个点位置(PointLocaiton)
- 14日 Identification of Pseudogenes
- 13日 如何利用BioJava创建一个特征feature
- 13日 BioJava中如何编辑一条序列
- 13日 BioJava中改变序列的名字
- 13日 利用BioJava将DNA序列转录成RNA序列
- 13日 利用BioJava从一条序列中得到子序列
- 12日 利用BioJava从字串中创建一条序列对象以及将其写回一条字串
- 12日 利用BioJava从杂交产物成分表中分解出他们的组成标记
- 12日 利用BioJava建立杂交产物成分表
- 11日 BioJava中如何将一条序列以Fasta格式输出
- 11日 BioJava将ABI序列转化为BioJava序列
- 11日 利用BioJava从GenBank/EMBL/SwissProt格式中抽取序列并且以FASTA格式输出
- 11日 利用BioJava读取一个GenBank,SwissProt,EMBL文件
- 11日 利用BioJava判别两个成分表或两个标记是否相同
- 11日 利用BioJava自定义的标记建立自定义的成分表
- 11日 如何利用BioJava从搜索结果中提取信息
- 11日 如何利用BioJava从序列中删除特征
- 11日 BioJava中如何使用非标准的密码子表
- 11日 利用BioJava将单个密码子翻译成氨基酸
- 11日 利用BioJava翻译DNA序列或标志链
- 11日 利用BioJava获得DNA,RNA或蛋白质的成分
- 11日 利用BioJava建立一个多义标记(ambiguous symbol)
- 08月
- 07月
- 06月
- 04月
- 22日 NFS介绍与配置
- 14日 用Sequin向NCBI提交序列
- 13日 利用BankIt向NCBI提交序列方法
- 11日 GFF3格式介绍
- 11日 利用grep和map计算两个集合交集、并集、补集
- 10日 R语言绘图参数
- 09日 Primer-BLAST:NCBI的引物设计和特异性检验工具
- 03月
- 27日 用awk和sed快速将fasta格式的序列改成一行显示
- 18日 awk行号相关的操作
- 15日 SOAPdenovo参数详解
- 14日 yum与apt-get
- 12日 推荐《高级Bash脚本编程指南》
- 12日 Fedora/Centos/Redhat及相关RPM资源收集及介绍
- 10日 error while loading shared libraries: libstdc++.so.5解决办法
- 08日 KEGG数据库的使用方法与介绍
- 08日 fastq2fasta by sed
- 08日 SED单行脚本快速参考
- 07日 R语言基础和画图相关资料
- 06日 R语言绘图符号
- 06日 bwa的使用方法
- 06日 bwa和samtools的安装
- 01日 常用的参数检验和非参数检验方法