Transcriptomics

RNA-seq的标准化方法

对于RNA-seq而言,由于 技术误差, 测序深度不同, 基因长度不同,为了能够比较不同的样本,比较不同的基因的表达量,以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设,就需要对原始数据进行标准化。 对于一个...
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Transcriptomics

RPKM, FPKM, TPM区别

在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行標准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域內的read counts数目取决於基因长度和测序...
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Transcriptomics

差异基因分析方法

在利用RNA-seq数据比较分析两个样品中同一个基因是否存在差异表达的时候,一般选取两个标准: i)FoldChange FoldChange,很容易理解了。就是两样品中同一个基因表达水平的变化倍数。...
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Transcriptomics

转录组测序问题集锦

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合,转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Ti...
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Glossary

RPKM简介

RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法,在衡量基因表现量时,若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量,在统计上是一件相当不合理事,因为在随机抽样的情况下,序列较长的基因被抽...
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