Genomics

DISCOVAR的使用

1. DISCOVAR简介 DISCOVAR 是有 ALLPATHS-LG 软件开发团队做出来的软件。主要用于利用 PE 250bp 数据与参考基因组的比对结果,对基因组进行 Variants cal...
阅读全文
Bioinformatics

基因组测序、组装与分析总结

1. 测序前的准备 搜集物种相关信息,比如基因组大小,杂合度, 1.1 获取基因组大小 基因组大小的获取关系到对以后组装结果的大小的正确与否判断;基因组太大(>10Gb),超出了目前denovo...
阅读全文
Genomics

新算法对单细胞基因组进行测序

美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes,能够被用...
阅读全文
Genomics

Consed的安装与使用教程

简介 Consed 是一款非常强大的图形化 finish 软件,由 David Gordon 等人于 1998 年发布, 目前已更新至 15.0 版本。 现在 consed 已经成为基因组 finis...
阅读全文